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- PDB-2yje: Oligomeric assembly of actin bound to MRTF-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yje
タイトルOligomeric assembly of actin bound to MRTF-A
要素
  • ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
  • MKL/MYOCARDIN-LIKE PROTEIN 1
キーワードMOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of transcription cofactors / RHO GTPases Activate Formins / smooth muscle cell differentiation / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle ...SUMOylation of transcription cofactors / RHO GTPases Activate Formins / smooth muscle cell differentiation / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / negative regulation of apoptotic signaling pathway / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / forebrain development / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron migration / calcium-dependent protein binding / neuron projection development / lamellipodium / actin binding / cell body / actin cytoskeleton organization / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2040 / Myocardin-like / RPEL repeat / RPEL repeat / RPEL repeat profile. / Repeat in Drosophila CG10860, human KIAA0680 and C. elegans F26H9.2 / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation ...Helix Hairpins - #2040 / Myocardin-like / RPEL repeat / RPEL repeat / RPEL repeat profile. / Repeat in Drosophila CG10860, human KIAA0680 and C. elegans F26H9.2 / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / Helix Hairpins / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / LATRUNCULIN B / Actin, alpha skeletal muscle / Myocardin-related transcription factor A
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Mouilleron, S. / Langer, C.A. / Guettler, S. / McDonald, N.Q. / Treisman, R.
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2011
タイトル: Structure of a pentavalent G-actin*MRTF-A complex reveals how G-actin controls nucleocytoplasmic shuttling of a transcriptional coactivator.
著者: Mouilleron, S. / Langer, C.A. / Guettler, S. / McDonald, N.Q. / Treisman, R.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
B: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
C: ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
M: MKL/MYOCARDIN-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,85413
ポリマ－142,0734
非ポリマー2,7819
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.935, 90.935, 321.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 6:21 OR RESSEQ 27:40 OR RESSEQ...
211CHAIN C AND (RESSEQ 6:21 OR RESSEQ 27:40 OR RESSEQ...
311CHAIN B AND (RESSEQ 6:21 OR RESSEQ 27:40 OR RESSEQ...
112CHAIN A AND (RESSEQ 6:21 OR RESSEQ 27:40 OR RESSEQ...
212CHAIN C AND (RESSEQ 6:21 OR RESSEQ 27:40 OR RESSEQ...
312CHAIN B AND (RESSEQ 6:21 OR RESSEQ 27:40 OR RESSEQ...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE / ALPHA-ACTIN-1


分子量: 42096.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質 MKL/MYOCARDIN-LIKE PROTEIN 1 / BASIC SAP COILED-COIL TRANSCRIPTION ACTIVATOR / MEGAKARYOBLASTIC LEUKEMIA 1 PROTEIN HOMOLOG / ...BASIC SAP COILED-COIL TRANSCRIPTION ACTIVATOR / MEGAKARYOBLASTIC LEUKEMIA 1 PROTEIN HOMOLOG / MYOCARDIN-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR A / MRTF-A


分子量: 15782.284 Da / 分子数: 1 / Fragment: RPEL DOMAIN, RESIDUES 16-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q8K4J6
#3: 化合物 ChemComp-LAB / LATRUNCULIN B / ラトルンクリンB


分子量: 395.513 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29NO5S / コメント: 毒素*YM
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.25
詳細: 0.1 M BTP PH 8.25, 20.5% PEG 3350, 0.2 M SODIUM NITRATE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45 Å / Num. obs: 24795 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V52

2v52


解像度: 3.1→19.883 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 1229 5.1 %
Rwork0.2348 --
obs0.2371 24183 95.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.24 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3258 Å20 Å20 Å2
2--4.3258 Å20 Å2
3----8.6515 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8022 0 177 0 8199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11511473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.983023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051458
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1228X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1228X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
13B1284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
21A1032X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1032X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
23B992X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.22370.37841350.322377X-RAY DIFFRACTION91
3.2237-3.36970.28361280.25892448X-RAY DIFFRACTION93
3.3697-3.54640.30411190.24132511X-RAY DIFFRACTION95
3.5464-3.76720.29851270.24052597X-RAY DIFFRACTION97
3.7672-4.05580.27741370.2442567X-RAY DIFFRACTION98
4.0558-4.45980.25831410.21582594X-RAY DIFFRACTION98
4.4598-5.09560.25441680.21242587X-RAY DIFFRACTION97
5.0956-6.38440.2891430.24592652X-RAY DIFFRACTION97
6.3844-19.88320.28061310.22682621X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80560.28270.24151.57340.74861.7580.3425-0.06820.30590.3146-0.3136-0.01320.34640.0796-0.03370.4772-0.2106-0.00220.4173-0.00860.410418.202-14.2883-9.9859
21.33430.46220.93361.68241.08141.01950.24960.3789-0.1922-0.2781-0.207-0.0687-0.07750.1466-0.13390.55430.0312-0.02180.8177-0.0920.460320.9331-31.6718-27.4452
32.13720.2879-0.4510.33440.35430.7050.00320.1358-0.08740.19380.3984-0.99430.11911.076-0.32320.53140.1691-0.18971.125-0.07671.105143.2593-35.6002-18.5015
40.5627-0.2909-0.06241.20990.81841.27220.21180.3653-0.3643-0.2275-0.33650.38910.2969-0.0739-0.02350.92870.4812-0.49740.9182-0.87910.777-0.674-54.0702-41.2233
52.7877-0.9181-2.17810.62640.61631.73360.15030.63740.1185-0.156-0.1352-0.012-0.04420.2555-0.0610.87820.3584-0.45271.3173-0.27620.91048.5619-39.4889-53.7722
60.444-0.60340.43180.8189-0.62390.85860.14560.2909-0.4458-0.08180.00080.29510.0938-0.50370.04620.4720.1299-0.17450.9975-0.30780.8196-17.5486-38.8001-32.2854
70.12490.0028-0.11510.10590.02021.220.13650.23010.03730.02430.0125-0.0426-0.356-0.03370.22050.75860.5395-0.31121.2983-0.42860.0493-5.8296-20.5754-42.6731
80.5226-0.13590.0380.6565-0.43740.944-0.07810.031-0.03630.57220.21560.924-0.43640.0395-0.15080.4357-0.02470.22680.34140.10690.8328-4.8067-37.25673.046
92.135-1.242-0.98281.93892.27762.851-0.3518-0.11230.0170.66240.0460.2663-0.39440.00450.22151.02280.05140.19690.33110.05160.51086.5142-29.512717.136
101.31460.26070.45690.6764-0.07021.58620.06330.0161-0.46650.21170.00410.4620.37230.09840.00710.6021-0.1650.10310.3522-0.01620.622611.1753-55.5094-2.3895
111.04930.23340.74941.8261-0.25181.0504-0.0444-0.1052-0.02390.7691-0.2126-0.608-0.02620.21790.07660.6501-0.1605-0.09560.38180.120.433527.6851-44.539311.5832
123.3640.20571.09773.6381-0.17290.4078-0.0743-0.02530.16320.337-0.1096-0.0103-0.7539-0.62340.08850.80870.1813-0.08020.98280.26750.543413.3601-11.2275-30.8639
131.1772-0.86080.7450.6961-0.32312.66260.3510.4031-0.1166-0.5881-0.1294-0.0237-0.41790.3947-0.12620.57960.1417-0.02720.6487-0.1390.41750.5008-22.5577-27.6141
140.6452-0.05620.96670.5116-1.13853.804-0.38740.0077-0.284-0.0287-0.0169-0.1615-0.8327-0.6150.34950.7015-0.0750.0190.5239-0.09730.54352.257-32.3335-20.0308
150.6895-0.8053-0.86721.39150.49263.6954-0.38140.324-0.13030.04080.35130.6810.42660.078-0.15030.7411-0.0865-0.00880.2021-0.02020.5374-1.7979-47.6083-18.8826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 5:34 OR RESID 69:144 OR RESID 338:375)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 145:180 OR RESID 270:337)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 181:269)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 5:32 OR RESID 70:144 OR RESID 338:375)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 33:69)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 145:180 OR RESID 270:337)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 181:269)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 5:32 OR RESID 70:144 OR RESID 338:375)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESID 33:69)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESID 145:180 OR RESID 270:337)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 181:269)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN M AND (RESID 64:79)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN M AND (RESID 80:89)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN M AND (RESID 90:102)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN M AND (RESID 103:122)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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