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万見
- PDB-2ygv: Conserved N-terminal domain of the yeast Histone Chaperone Asf1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ygv
タイトルConserved N-terminal domain of the yeast Histone Chaperone Asf1 in complex with the C-terminal fragment of Rad53
要素
  • HISTONE CHAPERONE ASF1
  • SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
キーワードCHAPERONE/TRANSFERASE / CHAPERONE-TRANSFERASE COMPLEX / CHECKPOINT / DNA DAMAGE / CHROMATIN
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / meiotic recombination checkpoint signaling / DNA replication-dependent chromatin assembly / acetyltransferase activator activity / dual-specificity kinase / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress ...deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / meiotic recombination checkpoint signaling / DNA replication-dependent chromatin assembly / acetyltransferase activator activity / dual-specificity kinase / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of DNA damage checkpoint / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein modification process / intracellular protein localization / nucleosome assembly / chromatin organization / regulation of gene expression / protein tyrosine kinase activity / histone binding / chromosome, telomeric region / protein kinase activity / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rad53 / Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Aurora kinase / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain ...Serine/threonine-protein kinase Rad53 / Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Aurora kinase / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase RAD53 / Histone chaperone ASF1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Jiao, Y. / Seeger, K. / Murciano, B. / Ledu, M.H. / Charbonnier, J.B. / Legrand, P. / Lautrette, A. / Gaubert, A. / Mousson, F. / Guerois, R. ...Jiao, Y. / Seeger, K. / Murciano, B. / Ledu, M.H. / Charbonnier, J.B. / Legrand, P. / Lautrette, A. / Gaubert, A. / Mousson, F. / Guerois, R. / Mann, C. / Ochsenbein, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Surprising Complexity of the Asf1 Histone Chaperone-Rad53 Kinase Interaction
著者: Jiao, Y. / Seeger, K. / Lautrette, A. / Gaubert, A. / Mousson, F. / Guerois, R. / Mann, C. / Ochsenbein, F.
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE CHAPERONE ASF1
B: HISTONE CHAPERONE ASF1
C: HISTONE CHAPERONE ASF1
D: HISTONE CHAPERONE ASF1
E: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
F: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
G: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
H: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,95613
ポリマ－81,4808
非ポリマー4765
水30617
1
A: HISTONE CHAPERONE ASF1
E: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4663
ポリマ－20,3702
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-16.7 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
2
B: HISTONE CHAPERONE ASF1
F: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5584
ポリマ－20,3702
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-21.7 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
3
C: HISTONE CHAPERONE ASF1
G: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4663
ポリマ－20,3702
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-20.2 kcal/mol
Surface area9350 Å2
手法PISA
4
D: HISTONE CHAPERONE ASF1
H: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4663
ポリマ－20,3702
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-16.2 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.240, 98.180, 86.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
HISTONE CHAPERONE ASF1 / ASF1 / ANTI-SILENCING FUNCTION PROTEIN 1 / YASF1


分子量: 17874.141 Da / 分子数: 4 / 断片: CONSERVED N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: W303 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P32447
#2: タンパク質・ペプチド
SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE RAD53 / RAD53 / CHK2 HOMOLOG / SERINE-PROTEIN KINASE 1


分子量: 2495.872 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL, RESIDUES 800-821 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: P22216, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 5% PEG 8000, 0.1M NACACO PH 6, 0.2M MG ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→38.9 Å / Num. obs: 16378 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2.36 / 冗長度: 3.96 % / Biso Wilson estimate: 61.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 10.59
反射 シェル解像度: 2.94→3.12 Å / 冗長度: 3.82 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ROC

1roc


解像度: 2.94→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.867 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 809 4.94 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
obs0.1908 16377 --
原子変位パラメータBiso mean: 54.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.2695 Å20 Å25.2244 Å2
2---34.9154 Å20 Å2
3---9.6459 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.367 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5357 0 26 17 5400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015490HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.337461HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1877SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes767HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5490HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion704SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5887SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3298 133 4.69 %
Rwork0.2306 2704 -
all0.2352 2837 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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