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- PDB-3nxc: Molecular mechanism by which the Escherichia coli nucleoid occlus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nxc
タイトルMolecular mechanism by which the Escherichia coli nucleoid occlusion factor, SlmA, keeps cytokinesis in check
要素HTH-type protein slmA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nucleoid occlusion / cell division / TetR family member
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum site selection / negative regulation of division septum assembly / negative regulation of protein polymerization / bacterial nucleoid / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity ...division septum site selection / negative regulation of division septum assembly / negative regulation of protein polymerization / bacterial nucleoid / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion factor SlmA / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Nucleoid occlusion factor SlmA / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoid occlusion factor SlmA / Nucleoid occlusion factor SlmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tonthat, N.K. / Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Molecular mechanism by which the nucleoid occlusion factor, SlmA, keeps cytokinesis in check.
著者: Tonthat, N.K. / Arold, S.T. / Pickering, B.F. / Van Dyke, M.W. / Liang, S. / Lu, Y. / Beuria, T.K. / Margolin, W. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2010年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type protein slmA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3211
ポリマ－24,3211
非ポリマー00
水23413
1
A: HTH-type protein slmA

A: HTH-type protein slmA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6422
ポリマ－48,6422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area2910 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.380, 50.380, 121.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 HTH-type protein slmA


分子量: 24321.148 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ttk, APECO1_2820, Ecok1_36180 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A1AHH2, UniProt: P0C093*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.69 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 10% PEG 400, 58 mM LiSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9795, 0.97953, 0.95372
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.979531
30.953721
反射解像度: 2.5→43.727 Å / Num. obs: 6647 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.5 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→43.727 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 892 -random
Rwork0.224 ---
obs0.224 6647 71.6 %-
all-6647 --
原子変位パラメータBiso mean: 31.078 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.554 Å20 Å20 Å2
2--2.554 Å20 Å2
3----5.108 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1406 0 0 13 1419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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