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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xzc | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of phosphonate-modified recombinant A.17 antibody FAB fragment | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-XOP 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Carletti, E. / Nachon, F. / Nicolet, Y. / Masson, P. / Kurkova, I. / Smirnov, I. / Friboulet, A. / Tramontano, A. / Gabibov, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Reactibodies Generated by Kinetic Selection Couple Chemical Reactivity with Favorable Protein Dynamics. 著者: Smirnov, I. / Carletti, E. / Kurkova, I. / Nachon, F. / Nicolet, Y. / Mitkevich, V.A. / Debat, H. / Avalle, B. / Belogurov, A.A. / Kuznetsov, N. / Reshetnyak, A. / Masson, P. / Tonevitsky, A. ...著者: Smirnov, I. / Carletti, E. / Kurkova, I. / Nachon, F. / Nicolet, Y. / Mitkevich, V.A. / Debat, H. / Avalle, B. / Belogurov, A.A. / Kuznetsov, N. / Reshetnyak, A. / Masson, P. / Tonevitsky, A.G. / Ponomarenko, N. / Makarov, A.A. / Friboulet, A. / Tramontano, A. / Gabibov, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xzc.cif.gz | 113.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xzc.ent.gz | 90.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xzc_validation.pdf.gz | 752.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xzc_full_validation.pdf.gz | 762.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xzc_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xzc_validation.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xzc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23322.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23140.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ) |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-XOP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | 8-METHYL-8-AZABICYCLO[3.2.1]OCTAN-3-YL PHENYLPHOSPHONATE (XOP): THE LIGAND XOP IS COVALENTLY BOND ...8-METHYL-8-AZABICYCLO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 0.1M ADA BUFFER PH 6.5, 0.1M MGCL2, 20% PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→50 Å / Num. obs: 92464 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 61.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.4 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.36→38.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 0.898 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.962 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→38.32 Å
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拘束条件 |
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