PDB-2xgc: Crystal structure of a designed heterodimeric variant T-A(I)B of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xgc

タイトル

Crystal structure of a designed heterodimeric variant T-A(I)B of the tetracycline repressor

要素

(TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D) x 2

キーワード

TRANSCRIPTION / CHIMERA / TRANSCRIPTION REGULATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Stiebritz, M.T. / Wengrzik, S. / Richter, J.P. / Muller, Y.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Computational Design of a Chain-Specific Tetracycline Repressor Heterodimer.
著者: Stiebritz, M.T. / Wengrzik, S. / Klein, D.L. / Richter, J.P. / Srebrzynski, A. / Weiler, S. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2010年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xgc.cif.gz	169.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xgc.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xgc_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xgc_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	2xgc_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	2xgc_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xgdC 2xgeC 1a6iS 1bjz 1ork 1qpi 2tct 2trt 2vke 2vkv 2x6o 2x9d 2xb5 4v2f 4v2g S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fts-1 1bjz-1 2xge-2 6rgx-d 4v2g-d 6rcr-1 2xrl-1 2xge-1 2xgd-1 6rbl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

B: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.152, 69.152, 183.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2032- HOH

#1: タンパク質	TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D 分子量: 23486.723 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-50,51-208 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#2: タンパク質	TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D 分子量: 23710.916 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-50,51-208 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 136 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 140 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 136 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 140 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 192 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 193 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 197 TO ILE
配列の詳細	ENGINEERED VARIANT, NAMELY CHIMERA OF P04483 AND P0ACT4 ( UNIPROT ACCESSION NUMBERS) AUTHOR HAS ...ENGINEERED VARIANT, NAMELY CHIMERA OF P04483 AND P0ACT4 ( UNIPROT ACCESSION NUMBERS) AUTHOR HAS MENTIONED THAT THE C-TERMINUS OF P0ACT4 HAS BEEN TRUNCATED ARTIFICIALLY SINCE THE LATTER HAS 218 RESIDUES IN TOTAL. FOR B CHAIN THERE IS AN ARTIFICIAL N-TERMINAL EXTENSION PRESENT IN THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: RAYONIX / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 12563 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / B_iso Wilson estimate: 48.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A6I

1a6i

解像度: 2.15→34.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 14.642 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. THE CRYSTAL STRUCTURE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27056	1001	8 %	RANDOM
R_work	0.21689	-	-	-
obs	0.22121	11559	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3086	0	0	57	3143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.958	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.001	3	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.572	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.746	23.544	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.693	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.376	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	821
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.23	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.347	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.899	1.5	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.159	1.5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.088	2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.722	3	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.569	4.5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.266 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	142	-
R_work	0.252	1639	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.494	-2.1996	9.6877	2.7784	-1.2621	14.0505	0.1495	0.4761	-0.0512	0.0106	-0.0557	0.1669	0.8309	0.3757	-0.0938	-0.1473	0.0226	-0.0466	-0.0127	-0.0606	-0.1386	19.017	27.6164	10.7026
2	1.6135	-0.2319	3.0982	0.034	-0.3506	20.5339	-0.0622	0.0383	-0.2516	0.079	0.0267	0.4217	0.4907	-1.4468	0.0354	-0.1255	0.0246	0.0093	-0.1168	-0.0178	-0.0586	21.4865	28.0512	34.3918
3	3.7172	-0.2683	-2.6066	2.9766	1.5442	12.4396	-0.2127	0.2705	0.1946	0.0511	0.2637	0.4526	-0.6701	-1.1004	-0.051	-0.2016	0.1197	-0.0025	-0.1577	0.0507	-0.0745	23.7444	37.0748	37.0572
4	7.9816	2.4906	0.3861	3.1842	-2.5234	5.2559	0.0376	-0.0293	-0.6449	0.3901	-0.3058	-0.0482	1.1075	0.7065	0.2682	-0.118	0.1978	-0.0874	-0.1141	0.1387	-0.2015	38.6388	27.7188	46.1604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	166 - 208

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関連情報:EMDBヘッダ

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