PDB-6fts: TETR(D) N82A MUTANT IN COMPLEX WITH PEG4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fts

タイトル

TETR(D) N82A MUTANT IN COMPLEX WITH PEG4

要素

Tetracycline repressor protein class D

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hinrichs, W. / Palm, G.J. / Berndt, L. / Girbardt, B.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: Thermodynamics, cooperativity and stability of the tetracycline repressor (TetR) upon tetracycline binding.
著者: Palm, G.J. / Buchholz, I. / Werten, S. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Delcea, M. / Hinrichs, W.

履歴

登録	2018年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fts.cif.gz	99.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fts.ent.gz	76.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fts_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fts_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	6fts_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	6fts_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6fts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6fts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xrlC 4b3aC 6fplC 6fpmC 6qjwC 6qjxC 6rblC 6rbmC 6rcrC 6rgxC 2tctS 2trtS 5fkk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xgc-1 2xgc-2 1bjz-1 4v2g-d 6rcr-1 4aux-1 2xge-1 2xge-2 5fkn-d 6rgx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tetracycline repressor protein class D

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetracycline repressor protein class D

ヘテロ分子

A: Tetracycline repressor protein class D

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.779, 68.779, 180.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-490- HOH
2	1	A-493- HOH

#1: タンパク質	Tetracycline repressor protein class D 分子量: 23245.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RA1 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / プラスミド: pWH1950 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACT4
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Precipitant: 2M (NH4)2SO4, 6% PEG400, 0.1M Tris pH8.5. 19.65mg/ml Protein, 2mM Tetracycline, 3M MgCl2.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月7日
放射	モノクロメーター: osmic multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→34.39 Å / Num. obs: 14920 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.55 % / B_iso Wilson estimate: 48.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.73 % / R_merge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1360 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2TRT, 2TCT

2trt

2tct

解像度: 2→34.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 14.535 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27236	1016	6.9 %	RANDOM
R_work	0.22213	-	-	-
obs	0.22579	13663	97.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→34.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1561	0	15	99	1675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.971	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.973	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.701	23.293	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.011	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.59	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.175	3.208	820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.175	3.208	819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.876	4.78	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.874	4.78	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.102	3.531	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.102	3.531	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.994	5.208	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.273	25.169	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.247	25.049	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	81	-
R_work	0.317	924	-
obs	-	-	89.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9391	-0.1926	2.8653	0.0775	-0.1949	4.382	0.0207	0.1591	-0.0179	0.0449	-0.0121	0.0198	0.1036	0.1985	-0.0086	0.0533	-0.0044	-0.0145	0.2541	-0.0494	0.1106	19.1041	28.4328	13.979
2	0.9608	0.471	0.332	0.2524	0.3385	1.7112	0.264	0.1692	0.0304	0.1367	0.0681	-0.0181	0.0133	-0.1004	-0.3321	0.1886	0.1081	0.038	0.1412	0.0085	0.1153	25.4023	32.7321	40.3107
3	12.538	-3.2756	-0.4449	6.5836	1.272	0.2493	0.1115	-0.2946	0.6295	-0.2257	-0.1059	-0.095	-0.0396	-0.023	-0.0055	0.1009	0.0827	-0.0179	0.0798	-0.0337	0.1298	50.116	20.1239	37.6239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	180 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1209
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 179

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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