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- PDB-2xg7: Crystal Structure of BST2-Tetherin Ectodomain expressed in HEK293... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xg7
タイトルCrystal Structure of BST2-Tetherin Ectodomain expressed in HEK293T cells
要素BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / INNATE IMMUNE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon / side of membrane / multivesicular body / negative regulation of cell migration / regulation of actin cytoskeleton organization / negative regulation of cell growth / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apical plasma membrane / membrane raft / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1700 / Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone marrow stromal antigen 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Steiner, R.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Studies on the Extracellular Domain of Bst2/Tetherin in Reduced and Oxidized Conformations.
著者: Schubert, H.L. / Zhai, Q. / Sandrin, V. / Eckert, D.M. / Garcia-Maya, M. / Saul, L. / Sundquist, W.I. / Steiner, R.A. / Hill, C.P.
履歴
登録2010年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
C: BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3704
ポリマ－22,9282
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-34.1 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.860, 91.860, 146.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BONE MARROW STROMAL ANTIGEN 2 / BST2 / TETHERIN / HM1.24 ANTIGEN / CD317


分子量: 11463.895 Da / 分子数: 2 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 51-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / Cell (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q10589
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 8% PEG8000, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→38.95 Å / Num. obs: 5576 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.45→3.64 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0074精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MKX

3mkx
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.45→77.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 62.942 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.768 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED SIDE-CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29795 250 4.5 %RANDOM
Rwork0.26912 ---
obs0.27038 5303 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.784 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.69 Å20 Å20 Å2
2--4.06 Å2-0 Å2
3---4.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→77.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1209 0 28 0 1237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.9821670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.04932035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1945155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.17726.50863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52315242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.057158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.45→3.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 18 -
Rwork0.348 391 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0784-5.01745.93519.2423-22.337626.9451-0.1841-0.25540.05010.47040.1969-0.2837-0.4367-0.5101-0.01280.1359-0.10790.08750.2967-0.11680.3615-6.9196-21.539646.2363
20.82410.4326-0.471830.9815-32.428734.9377-0.2879-0.0885-0.094-0.367-0.388-1.02020.51080.05980.67590.1101-0.0038-0.01250.3131-0.02840.3638-5.3133-23.437940.9578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A72 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2C77 - 151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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