[日本語] English
万見
- PDB-3nwh: Crystal structure of BST2/Tetherin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwh
タイトルCrystal structure of BST2/Tetherin
要素Bone marrow stromal antigen 2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Coiled-coil / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon / side of membrane / multivesicular body / negative regulation of cell migration / regulation of actin cytoskeleton organization / negative regulation of cell growth / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apical plasma membrane / membrane raft / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1700 / Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone marrow stromal antigen 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schubert, H.L. / Zhai, Q. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural and functional studies on the extracellular domain of BST2/tetherin in reduced and oxidized conformations.
著者: Schubert, H.L. / Zhai, Q. / Sandrin, V. / Eckert, D.M. / Garcia-Maya, M. / Saul, L. / Sundquist, W.I. / Steiner, R.A. / Hill, C.P.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年7月21日ID: 3MKX
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bone marrow stromal antigen 2
B: Bone marrow stromal antigen 2
C: Bone marrow stromal antigen 2
D: Bone marrow stromal antigen 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4314
ポリマ－50,4314
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12930 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area26590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.550, 59.584, 159.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Bone marrow stromal antigen 2 / BST-2 / Tetherin / HM1.24 antigen


分子量: 12607.732 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular Domain (UNP residues 47-152) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BST2 / プラスミド: pTOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q10589
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: PEG MME 2K, pH 7.2, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9805, 0.9919, 0.9809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98051
20.99191
30.98091
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 17.18 / 数: 15493 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15096 / % possible obs: 97.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.65097.210.0321.0553.9
4.455.697.510.0451.0383.8
3.884.4598.610.0450.9763.9
3.533.8898.210.0561.013.7
3.283.5398.310.0771.0663.7
3.083.2898.610.11.0453.6
2.933.0898.310.1141.0783.6
2.82.9397.210.1341.0613.5
2.692.898.210.2131.0943.4
2.62.6993.210.2691.0823.3
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 15493 / Num. obs: 15096 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.693.30.2693.9827881.08293.2
2.69-2.83.40.21328551.09498.2
2.8-2.933.50.13430201.06197.2
2.93-3.083.60.11428851.07898.3
3.08-3.283.60.130241.04598.6
3.28-3.533.70.07728851.06698.3
3.53-3.883.70.05629851.0198.2
3.88-4.453.90.04529830.97698.6
4.45-5.63.80.04528971.03897.5
5.6-503.90.03229301.05597.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0074精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→33.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 28.516 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.346 / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2877 1147 7.6 %RANDOM
Rwork0.2601 ---
obs0.2622 15096 97.44 %-
all-15500 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 161.21 Å2 / Biso mean: 56.2268 Å2 / Biso min: 20.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å2-4.46 Å2
2--3.31 Å2-0 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 0 18 3230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0213267
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.9534390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.90335424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3435421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17325.568176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.68915649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2941530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02584
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 81 -
Rwork0.381 949 -
all-1030 -
obs--90.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.94810.843715.02420.29911.114520.79930.36380.0167-0.13240.0846-0.0926-0.11530.54260.0981-0.27120.1614-0.03520.09030.3082-0.00710.2711-18.586554.326679.268
216.2251.312418.99680.19931.516322.2689-0.58350.40950.6715-0.176-0.16310.1155-0.60210.44670.74660.36310.09520.04290.6107-0.10430.3752-79.478447.40662.6288
313.78592.927414.6360.76833.140315.5882-0.8092-0.35120.7638-0.1309-0.04820.1255-0.9272-0.30440.85740.299-0.05030.00030.28660.05240.3395-21.797454.654680.9322
49.90532.126514.50750.65193.183221.28040.77510.1456-0.45960.0274-0.14510.05221.12090.1012-0.63010.39210.0112-0.00810.5039-0.03760.3502-81.76547.05225.535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A48 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2B48 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3C48 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4D50 - 150

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る