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- PDB-2w9d: Structure of Fab fragment of the ICSM 18 - anti-Prp therapeutic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w9d
タイトルStructure of Fab fragment of the ICSM 18 - anti-Prp therapeutic antibody at 1.57 A resolution.
要素
  • ICSM 18-ANTI-PRP THERAPEUTIC FAB HEAVY CHAIN
  • ICSM 18-ANTI-PRP THERAPEUTIC FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / PRION / PRP / FAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Trevitt, C.R. / Strange, R.W. / Jackson, G.S. / Sangar, D. / Batchelor, M. / Jones, S. / Georgiou, T. / Cooper, S. / Fraser, C. ...Antonyuk, S.V. / Trevitt, C.R. / Strange, R.W. / Jackson, G.S. / Sangar, D. / Batchelor, M. / Jones, S. / Georgiou, T. / Cooper, S. / Fraser, C. / Khalili-Shirazi, A. / Clarke, A.R. / Hasnain, S.S. / Collinge, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Human Prion Protein Bound to a Therapeutic Antibody.
著者: Antonyuk, S.V. / Trevitt, C.R. / Strange, R.W. / Jackson, G.S. / Sangar, D. / Batchelor, M. / Cooper, S. / Fraser, C. / Jones, S. / Georgiou, T. / Khalili-Shirazi, A. / Clarke, A.R. / Hasnain, S.S. / Collinge, J.
履歴
登録2009年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ICSM 18-ANTI-PRP THERAPEUTIC FAB HEAVY CHAIN
L: ICSM 18-ANTI-PRP THERAPEUTIC FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5743
ポリマ－46,5342
非ポリマー401
水12,016667
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-25.8 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.784, 84.710, 127.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 ICSM 18-ANTI-PRP THERAPEUTIC FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23236.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 ICSM 18-ANTI-PRP THERAPEUTIC FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23296.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→30 Å / Num. obs: 54085 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HHO

2hho


解像度: 1.57→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.46 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2725 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 51289 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3260 0 1 667 3928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9494856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8043.0015755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5975484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3524.436133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62415574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1241510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.22310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21917
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2230.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1190.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2040.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5181.52283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.111.5886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83823652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20131459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6524.51173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 116 -
Rwork0.303 2513 -
obs--63.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55620.4430.73360.81910.50311.32160.1238-0.1734-0.18010.1575-0.058-0.00720.1386-0.0539-0.0658-0.1398-0.0159-0.0118-0.13410.0091-0.1479-4.6468.54951.044
23.2470.6277-0.66961.3255-0.2231.0399-0.04750.28450.0814-0.09810.0697-0.12030.00790.0069-0.0221-0.1644-0.00020.0069-0.1059-0.0357-0.14293.6497.20220.863
31.04970.2797-0.25111.3287-0.44321.16860.0392-0.02520.0780.01910.0006-0.0441-0.00720.0386-0.0397-0.17970.00130.0083-0.15590.0034-0.17025.5627.84248.716
41.82191.57060.9282.80731.78193.1058-0.0750.28310.085-0.44890.07110.1822-0.2504-0.46030.0038-0.04820.0444-0.00150.06660.0385-0.12410.80220.72112.802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2H115 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4L107 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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