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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w3u | ||||||
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タイトル | formate complex of the Ni-Form of E.coli deformylase | ||||||
要素 | PEPTIDE DEFORMYLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NICKEL / FORMATE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-translational protein modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / ferrous iron binding / ribosome binding / hydrolase activity / translation / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Ngo, Y.H.T. / Palm, G.J. / Hinrichs, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structure of the Ni(II) Complex of Escherichia Coli Peptide Deformylase and Suggestions on Deformylase Activities Depending on Different Metal(II) Centres. 著者: Yen, N.T.H. / Bogdanovic, X. / Palm, G.J. / Kuhl, O. / Hinrichs, W. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Iron Center, Substrate Recognition and Mechanism of Peptide Deformylase 著者: Becker, A. / Schlichting, I. / Kabsch, W. / Groche, D. / Schultz, S. / Wagner, A.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w3u.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w3u.ent.gz | 35.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w3u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/2w3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/2w3u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21439.650 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6K3, EC: 3.5.1.31 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / |
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 4.1 詳細: 20% PEG4000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M NAOAC PH 4.1, 293 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月24日 / 詳細: OSMIC MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→40 Å / Num. obs: 14750 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.37 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 64.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1XEO 解像度: 1.96→47.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 15.285 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ONLY RESIDUAL U VALUES ARE SHOWN.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.223 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→47.3 Å
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拘束条件 |
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