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- PDB-2vxn: E65Q-TIM complexed with phosphoglycolohydroxamate at 0.82 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxn
タイトルE65Q-TIM complexed with phosphoglycolohydroxamate at 0.82 A resolution
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / TRANSITION STATE ANALOGUE / GLYCOLYSIS / PENTOSE SHUNT / GLUCONEOGENESIS / TIM / GLYCOSOME / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / ENZYME-LIGAND COMPLEX / LIPID SYNTHESIS / TRANSITION STATE / PROTONATION STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.82 Å
データ登録者Alahuhta, M. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Atomic Resolution Crystallography of a Complex of Triosephosphate Isomerase with a Reaction-Intermediate Analog: New Insight in the Proton Transfer Reaction Mechanism
著者: Alahuhta, M. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2008年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0559
ポリマ－27,2081
非ポリマー8478
水7,548419
1
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,11018
ポリマ－54,4162
非ポリマー1,69316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6670 Å2
ΔGint-52.1 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.360, 50.650, 58.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1253-

GOL

21A-2024-

HOH

31A-2234-

HOH

41A-2407-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TIM / TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE


分子量: 27208.236 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MEXICANA (メキシコリーシュマニア)
プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: P48499, triose-phosphate isomerase

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非ポリマー , 5種, 427分子

#2: 化合物 ChemComp-PGH / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / ホスホグリコロヒドロキサム酸


分子量: 171.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 66 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 24.1 % PEG6000, 0.1 M ACETIC ACID PH 4.5, 1 MM DTT, 1 MM EDTA, 1 MM NAN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8426
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月1日 / 詳細: BENT
放射モノクロメーター: SI, HORIZONTALLY FOCUSSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8426 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.82→10 Å / Num. obs: 223330 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.96
反射 シェル解像度: 0.82→0.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 6.12 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N55

1n55


解像度: 0.82→10 Å / Num. parameters: 22625 / Num. restraintsaints: 28759 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.103 11174 5 %RANDOM
all0.092 223329 --
obs0.092 -89.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.82→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 53 419 2372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.109
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.118
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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