PDB-2vky: Headbinding Domain of Phage P22 Tailspike C-Terminally Fused to I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vky

タイトル

Headbinding Domain of Phage P22 Tailspike C-Terminally Fused to Isoleucine Zipper pIIGCN4 (Chimera I)

要素

TAIL PROTEIN, PIIGCN4

キーワード

VIRAL PROTEIN / HEAD-BINDING DOMAIN / PHAGE P22 TAILSPIKE / CHIMERA / HYDROLASE / LATE PROTEIN / ISOLEUCINE ZIPPER PIIGCN4

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / virus tail, fiber / symbiont entry into host / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ)

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seul, A. / Mueller, J.J. / Mueller, G. / Heinemann, U. / Seckler, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Bacteriophage P22 Tailspike: Structure of the Complete Protein and Function of the Interdomain Linker
著者: Seul, A. / Mueller, J.J. / Andres, D. / Stettner, E. / Heinemann, U. / Seckler, R.

履歴

登録	2008年1月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.2	2014年5月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.page_last / _struct.title
改定 1.5	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.6	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vky.cif.gz	79.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vky.ent.gz	60.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vky_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vky_full_validation.pdf.gz	422.3 KB	表示
XML形式データ	2vky_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	2vky_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vky	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vnlC 2xc1C 1eboS 1lktS 1clw 1qa1 1qa2 1qa3 1qq1 1qrb 1qrc 1tsp 1tyv 2vfm 2vfn 2vfo 2vfp 2vfq S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fhw-2 4pk1-d 4kqq-2 6bkq-2 6feg-d 2r32-1 3rac-1 6tix-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: TAIL PROTEIN, PIIGCN4

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: TAIL PROTEIN, PIIGCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.810, 57.810, 107.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2009- HOH
2	1	B-2015- HOH

#1: タンパク質	TAIL PROTEIN, PIIGCN4 / TAILSPIKE-PROTEIN 分子量: 17216.551 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAD-BINDING DOMAIN, RESIDUES 2-124 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: AMINO ACIDS 2-124 OF PHAGE P22 TAILSPIKE HAVE BEEN LINKED TO THE ISOLEUCINE ZIPPER PIIGCN4 125-155 由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE P22 (ファージ), (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: SALMONELLA ENTERICA TYPHIMURIUM / 解説: PIIGCN4, MODIFIED SEQUENCE NCBI GI\:5542583 / プラスミド: PET17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12528
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 124 TO LEU
配列の詳細	RESIDUES 125 TO 155 ARE NOT FOUND IN UNIPROT ENTRY P12528 BUT ARE PART OF GENBANK ENTRY GI:5542583. ...RESIDUES 125 TO 155 ARE NOT FOUND IN UNIPROT ENTRY P12528 BUT ARE PART OF GENBANK ENTRY GI:5542583. M1 OF GI5542583 IS MUTATED TO I125 IN THIS ENTRY.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PROTEIN: CONC. 8.2 MG/ML,BUFFER 50MM HEPES, PH6.5; RESERVOIR: 20% ISOPROPANOL, 0.1M NA-ACETATE, PH4.6, 0.2M CACL2; DROPLET 2 MICROL: 2 MICROL.CRYO:30% GLYCEROL.

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データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU H2B / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月8日 / 詳細: SLITS
放射	モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→19.7 Å / Num. obs: 12716 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.86 Å² / R_sym value: 0.03 / Net I/σ(I): 31.66
反射シェル	解像度: 2.05→2.2 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 13.6 / R_sym value: 0.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1LKT, 1EBO

1lkt

1ebo

解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.75 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE HEAD-BINDING DOMAIN IS FUSED TO THE ISOLEUCINE ZIPPER PIIGCN4. THE BIOLOGICALLY ACTIVE HEAD- BINDING DOMAIN IS A CRYSTALLOGRAPHIC TRIMER.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	622	4.9 %	RANDOM
R_work	0.145	-	-	-
obs	0.147	12111	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	-0.37 Å²	0 Å²
2-	-	-0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1197	0	0	173	1370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.96	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.771	3	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.599	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.184	26.429	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.98	15	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.875	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.511	2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.846	3	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.756	4.5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.579	6	410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.16 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.199	93
R_work	0.134	1748

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5121	-0.704	-3.0819	0.8208	1.4503	4.5907	0.2178	-0.5033	0.3111	0.0372	0.0771	-0.099	-0.1495	0.3846	-0.2949	0.0607	-0.0353	-0.014	0.0418	-0.0026	0.0438	1.5679	35.4362	-3.6945
2	2.7015	-0.4497	-0.1913	26.8096	-1.4893	1.5429	0.0803	0.1751	0.1025	0.2	-0.1465	0.4361	0.0027	0.166	0.0662	0.0221	-0.0268	-0.0154	0.0575	-0.0453	-0.0248	4.29	29.8403	-20.5545
3	10.2184	0.2743	8.2532	5.4584	1.4552	12.9721	-0.1255	0.112	-0.1585	-0.0922	0.088	0.0809	-0.0568	-0.0246	0.0375	-0.057	0.0081	-0.0047	-0.0693	0.0022	0.0231	10.2682	19.0208	-8.4557
4	9.2951	0.1039	2.427	5.9075	-3.0858	2.2745	-0.0465	-0.2708	-0.1442	-0.0122	-0.1523	0.0468	-0.1974	-0.3875	0.1988	-0.0262	0.0195	-0.0171	-0.0227	0.0047	0.0179	16.4185	16.1914	-4.374
5	12.3841	-0.2404	0.4243	2.1638	-0.8404	0.3353	-0.0885	-0.9369	0.137	0.1815	0.0559	0.1422	0.0301	-0.0214	0.0326	0.0051	0.0146	-0.0038	0.0995	-0.014	0.0429	8.3282	15.2743	-0.5897
6	9.7512	-0.9036	-4.441	1.1434	-0.0086	5.908	0.0083	-0.2391	-0.2311	-0.045	-0.0786	0.1329	0.1504	0.4164	0.0703	0.0331	0.025	-0.0501	0.0299	-0.0203	0.0149	8.3813	13.5936	-8.8904
7	5.7806	-0.2519	0.6559	7.0094	-5.0202	3.6347	0.0899	0.0631	-0.1408	-0.2508	0.3246	0.3759	0.0777	-0.0214	-0.4144	0.0359	-0.0078	-0.0289	0.0117	-0.0209	0.0036	-3.4069	22.1467	-16.9932
8	6.7645	0.382	7.2169	3.0731	2.1605	15.6461	-0.2221	-0.1821	-0.0125	-0.2829	-0.0786	0.4249	-0.4639	-0.8085	0.3007	0.0448	-0.0034	-0.0408	0.059	0.0028	0.0808	-5.5847	18.9682	-9.1448
9	3.1295	-0.6847	2.1418	1.7019	-0.7385	15.3672	-0.0197	-0.1013	-0.0679	-0.0143	0.0722	-0.0298	-0.2756	-0.3283	-0.0525	-0.0058	0.0031	-0.012	-0.0194	-0.0258	0.0314	10.0683	21.6473	-5.9352
10	3.9895	0.8487	2.7314	1.6632	-1.2981	11.0473	-0.1376	0.0858	0.0242	0.0088	-0.067	0.0974	-0.3864	0.6941	0.2046	0.0306	-0.0174	0.0058	0.001	-0.0094	0.0316	14.9929	25.6177	-5.715
11	44.5819	0.566	-4.5487	3.0398	2.8583	3.7992	0.1902	0.4911	0.6236	-0.0118	-0.2091	0.2923	-0.1544	-0.1833	0.0189	0.0842	0.0661	-0.0026	-0.0182	0.0246	0.0578	2.6232	26.395	-0.4932
12	8.7847	0.0863	-7.2908	5.2816	13.6275	41.5889	0.1604	0.0096	-0.0529	-0.4706	-0.2139	0.0546	-0.7707	-0.0882	0.0535	0.081	0.037	-0.0135	0.1092	0.0018	0.0897	-6.7523	27.6816	6.7875
13	9.3803	-1.2471	-6.1271	13.3562	16.1769	72.3209	-0.2219	-0.3226	0.0546	0.1759	-0.1945	0.0812	0.0658	-0.2989	0.4164	0.0876	0.0172	-0.0454	0.156	-0.0464	0.0702	-6.6422	28.2481	17.7353
14	11.8212	-1.3076	7.3715	9.6182	14.0964	44.0491	0.0162	0.8716	-0.3776	-0.8173	-0.0179	0.0396	-1.6058	0.741	0.0017	0.1778	-0.0599	-0.0245	0.1842	-0.0206	0.029	-5.3383	32.0932	25.321
15	14.6884	2.917	-4.5896	9.1362	11.1138	57.7191	-0.0541	0.1466	-0.6388	-0.3425	-0.0362	-0.0327	0.0084	-0.7446	0.0903	0.0458	-0.0301	-0.0195	0.0349	-0.0231	0.0338	-6.3342	30.5818	33.2769
16	4.8048	-0.3521	2.5853	2.1753	1.0858	13.4915	0.1571	0.3418	-0.4921	0.0436	0.0735	0.2219	1.3686	1.1273	-0.2306	0.1128	0.1037	0.017	0.0132	-0.0131	0.0068	0.8388	27.4969	46.2437
17	6.5796	-1.3944	3.981	5.3639	0.3788	26.343	-0.0925	-0.1916	0.1091	0.2604	-0.0362	0.2313	-0.0439	0.2422	0.1287	-0.0326	0.0179	0.0123	-0.0524	0.013	0.0244	-5.5071	36.0489	50.6177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	3 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	22 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	30 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	37 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	43 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	51 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	66 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	75 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	87 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	96 - 105
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	106 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	111 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	116 - 123
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	124 - 128
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	129 - 133
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	134 - 141
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	142 - 154

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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