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- PDB-4pk1: Structure of BamB fused to a BamA POTRA domain fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pk1
タイトルStructure of BamB fused to a BamA POTRA domain fragment
要素Chimera protein of Outer membrane protein assembly factors BamA and BamB
キーワードPROTEIN BINDING / BAM complex / fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / cell adhesion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
membrane protein fhac / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain ...membrane protein fhac / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jansen, K.B. / Sousa, M.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI080709 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of BamB Bound to a Periplasmic Domain Fragment of BamA, the Central Component of the beta-Barrel Assembly Machine.
著者: Jansen, K.B. / Baker, S.L. / Sousa, M.C.
履歴
登録2014年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of Outer membrane protein assembly factors BamA and BamB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0381
ポリマ－70,0381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.270, 91.410, 61.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of Outer membrane protein assembly factors BamA and BamB / Omp85


分子量: 70037.844 Da / 分子数: 1
断片: UNP P0A940 residues 175-424,UNP P77774 residues 21-392
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172, bamB, yfgL, b2512, JW2496
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A940, UniProt: P77774

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The BamA-BamB chimera protein was crystallized at 16 degC by sitting drop vapor diffusion method. Initial crystallizing conditions were refined in a hanging drop in the following solution: 1. ...詳細: The BamA-BamB chimera protein was crystallized at 16 degC by sitting drop vapor diffusion method. Initial crystallizing conditions were refined in a hanging drop in the following solution: 1.4M Ammonium sulfate, 9% 2-propanol, and 0.1M Sodium acetate pH 5.5. We used 1.5 uL of the 20mg/ml protein mixed with 1.5 uL mother liquor in a reservoir filled with 500 uL precipitant solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→19.9 Å / Num. obs: 9870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 68.7 Å2 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 484 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→19.89 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 517 5.29 %
Rwork0.251 --
obs-9778 98.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 87.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3762 0 0 0 3762
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.41 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3797 112 -
Rwork0.2961 2243 -
obs--96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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