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- PDB-1lkt: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HEAD-BINDING DOMAIN OF PHAGE P22 TAILSPI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lkt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HEAD-BINDING DOMAIN OF PHAGE P22 TAILSPIKE PROTEIN
要素TAILSPIKE PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRUS PROTEIN / SALMONELLA PHAGE P22 / TELLUROMETHIONINE / LATE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Tailspike Protein; Chain / Phage P22 tailspike-like, N-terminal domain / P22 tailspike C-terminal domain / Salmonella phage P22 tail-spike / Bacteriophage P22 tailspike, N-terminal / Phage P22 tailspike-like, N-terminal domain superfamily / Head binding / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail spike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Steinbacher, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Phage P22 tailspike protein: crystal structure of the head-binding domain at 2.3 A, fully refined structure of the endorhamnosidase at 1.56 A resolution, and the molecular basis of O- ...タイトル: Phage P22 tailspike protein: crystal structure of the head-binding domain at 2.3 A, fully refined structure of the endorhamnosidase at 1.56 A resolution, and the molecular basis of O-antigen recognition and cleavage.
著者: Steinbacher, S. / Miller, S. / Baxa, U. / Budisa, N. / Weintraub, A. / Seckler, R. / Huber, R.
履歴
登録1997年10月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAILSPIKE PROTEIN
B: TAILSPIKE PROTEIN
C: TAILSPIKE PROTEIN
D: TAILSPIKE PROTEIN
E: TAILSPIKE PROTEIN
F: TAILSPIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8476
ポリマ－67,8476
非ポリマー00
水7,782432
1
A: TAILSPIKE PROTEIN
B: TAILSPIKE PROTEIN
C: TAILSPIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9233
ポリマ－33,9233
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
2
D: TAILSPIKE PROTEIN
E: TAILSPIKE PROTEIN
F: TAILSPIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9233
ポリマ－33,9233
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.300, 82.100, 73.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.873199, -0.24515, 0.421218), (-0.487336, -0.429977, 0.760016), (-0.005204, -0.86892, -0.494925)-17.1903, -4.2404, 108.7008
2given(0.871423, -0.490106, -0.020434), (-0.240763, -0.391047, -0.888322), (0.427381, 0.779024, -0.458766)14.7742, 88.796, 61.2063
3given(0.997753, -0.061272, 0.027092), (0.064134, 0.990474, -0.121856), (-0.019367, 0.12332, 0.992178)28.2716, 1.584, 35.1945
4given(0.862434, -0.21541, 0.458047), (-0.503624, -0.274526, 0.819145), (-0.050706, -0.937141, -0.345246)21.647, 6.7719, 88.9802
5given(0.850584, -0.524546, 0.036864), (-0.255363, -0.473335, -0.843056), (0.459671, 0.707676, -0.536561)38.0834, 49.7558, 58.193

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要素

#1: タンパク質
TAILSPIKE PROTEIN / LATE PROTEIN GP9 / TAIL PROTEIN / TSP


分子量: 11307.753 Da / 分子数: 6 / 断片: HEAD-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
属: P22-like viruses / 細胞株: BL21 / 器官: TAIL / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P12528
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化pH: 6.6 / 詳細: 20% PEG 8K, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %(w/v)PEG80001reservoir
20.2 M1reservoirMgCl2
30.1 MBis-Tris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 20822 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.298 / % possible all: 72.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 48766
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.199 --
obs0.199 28206 96.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4782 0 0 432 5214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.342
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 18825 / Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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