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万見
- PDB-2vke: Tet repressor class D complexed with cobalt and tetracycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vke
タイトルTet repressor class D complexed with cobalt and tetracycline
要素TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
キーワードTRANSCRIPTION / METAL-BINDING / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION / METAL COORDINATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / COBALT / REPRESSOR / MAGNESIUM / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TETRACYCLINE / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2008
タイトル: Specific Binding of Divalent Metal Ions to Tetracycline and to the Tet Repressor/Tetracycline Complex.
著者: Palm, G.J. / Lederer, T. / Orth, P. / Saenger, W. / Takahashi, M. / Hillen, W. / Hinrichs, W.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年11月28日Group: Database references / Derived calculations / Other
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8986
ポリマ－23,2881
非ポリマー6105
水2,000111
1
A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
ヘテロ分子

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,79612
ポリマ－46,5772
非ポリマー1,21910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-101.9 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.014, 67.014, 180.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2084-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D / TET REPRESSOR CLASS D


分子量: 23288.334 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINUS REMOVED FOR BETTER CRYSTALLIZATION / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PWH1590 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P0ACT4
#2: 化合物 ChemComp-TAC / TETRACYCLINE / テトラサイクリン


分子量: 444.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 209-218 DELETED BY CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION WITH 2 UL (18 MG/ML PROTEIN) AND 2 UL (0.8 M AS, 50 MM TRIS/CL PH 7.5, 200 MM NACL, 5 MM COCL2). CRYSTAL WAS CRYOCOOLED WITH PARAFFIN OIL AS CRYOPROTECTANT. ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION WITH 2 UL (18 MG/ML PROTEIN) AND 2 UL (0.8 M AS, 50 MM TRIS/CL PH 7.5, 200 MM NACL, 5 MM COCL2). CRYSTAL WAS CRYOCOOLED WITH PARAFFIN OIL AS CRYOPROTECTANT. CRYSTAL SIZE WAS 0.6 X 0.6 X 0.2 MM

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→62 Å / Num. obs: 21642 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 1.26 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FJ1

2fj1


解像度: 1.62→62.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.773 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1143 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.247 21642 85.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→62.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1590 0 36 111 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.9912285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.255204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22223.61483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98115291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0591.51048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55621617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8393715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7564.5668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.518 13
Rwork0.357 353
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91870.12342.38390.44660.5753.36720.0880.25110.00690.0854-0.0949-0.00350.32060.07320.00690.0791-0.045-0.01890.1895-0.00620.032618.57627.84415.703
21.2273-0.18590.1521.08460.29853.5893-0.01270.03150.00730.0490.0190.09030.0223-0.2506-0.0063-0.01950.0005-0.0094-0.01040.0109-0.026621.08732.52437.728
31.84050.3067-0.57090.3825-0.28781.509-0.07540.0614-0.20380.0087-0.0005-0.02010.27930.04990.07580.06880.0125-0.0107-0.009-0.0001-0.025938.4126.93640.128
49.36520.29474.31396.96060.33354.5715-0.13290.12390.3070.41480.1732-0.2719-0.04880.1818-0.0403-0.0718-0.0289-0.0089-0.1336-0.0154-0.029320.26735.20834.409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2A71 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3A144 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4A222 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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