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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vco | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the fimbrial adhesin FimH in complex with its high-mannose epitope | |||||||||
![]() | PROTEIN FIMH | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / PILI / GLYCAN / MANNOSE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wellens, A. / Garofalo, C. / Nguyen, H. / Wyns, L. / De Greve, H. / Hultgren, S.J. / Bouckaert, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Intervening with Urinary Tract Infections Using Anti-Adhesives Based on the Crystal Structure of the Fimh-Oligomannose-3 Complex. 著者: Wellens, A. / Garofalo, C. / Nguyen, H. / Van Gerven, N. / Slattegard, R. / Hernalsteens, J.P. / Wyns, L. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Hultgren, S.J. / Bouckaert, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1uwfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.5176, -0.08487, 0.8514), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN, RESIDUES 22-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 1.0 M LI2SO4, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.01 M NICL2, 3% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→78 Å / Num. obs: 279479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1UWF 解像度: 2.1→78.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.389 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→78.33 Å
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拘束条件 |
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