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- PDB-6twn: Crystal structure of Talin1 R7R8 in complex with CDK1 (206-223) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6twn
タイトルCrystal structure of Talin1 R7R8 in complex with CDK1 (206-223)
要素
  • Cyclin-dependent kinase 1
  • Talin-1
キーワードCELL ADHESION / Talin / focal adhesions.
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / Golgi disassembly ...regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / Golgi disassembly / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / ventricular cardiac muscle cell development / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / mitotic nuclear membrane disassembly / : / cyclin A2-CDK1 complex / Phosphorylation of Emi1 / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / Transcriptional regulation by RUNX2 / cortical microtubule organization / Phosphorylation of the APC/C / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / vinculin binding / integrin activation / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / protein localization to kinetochore / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / cell-substrate junction assembly / response to copper ion / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Condensation of Prometaphase Chromosomes / centrosome cycle / chromosome condensation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cortical actin cytoskeleton organization / MAPK3 (ERK1) activation / phosphatidylserine binding / cyclin-dependent protein kinase activity / response to amine / G1/S-Specific Transcription / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / : / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / regulation of embryonic development / protein deubiquitination / response to axon injury / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / response to cadmium ion / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / ruffle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / epithelial cell differentiation / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / peptidyl-threonine phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Hsp70 protein binding / phosphatidylinositol binding / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Condensation of Prophase Chromosomes / AURKA Activation by TPX2 / response to activity / positive regulation of DNA replication / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / spindle microtubule / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / regulation of circadian rhythm / MAPK6/MAPK4 signaling / PKR-mediated signaling / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of protein localization to nucleus / microtubule cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain ...Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / : / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 1 / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Muench, S.P. / Goult, B.T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204825/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Talin mechanosensitivity is modulated by a direct interaction with cyclin-dependent kinase-1.
著者: Gough, R.E. / Jones, M.C. / Zacharchenko, T. / Le, S. / Yu, M. / Jacquemet, G. / Muench, S.P. / Yan, J. / Humphries, J.D. / Jorgensen, C. / Humphries, M.J. / Goult, B.T.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年11月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct / struct_asym / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_name_com.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_seq_map_depositor_info.entity_id / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.entity_id / _struct.pdbx_center_of_mass_x / _struct.pdbx_center_of_mass_y / _struct.pdbx_center_of_mass_z / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Talin-1
B: Talin-1
C: Cyclin-dependent kinase 1
D: Cyclin-dependent kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3307
ポリマ－69,1104
非ポリマー2203
水3,009167
1
A: Talin-1
D: Cyclin-dependent kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5552
ポリマ－34,5552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17030 Å2
手法PISA
2
B: Talin-1
C: Cyclin-dependent kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7755
ポリマ－34,5552
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.000, 97.870, 104.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROLYSLYS(chain 'A' and (resid 1354 through 1415 or resid 1417 through 1659))AA1354 - 14154 - 65
121GLYGLYLEULEU(chain 'A' and (resid 1354 through 1415 or resid 1417 through 1659))AA1417 - 165967 - 309
211PROPROLYSLYS(chain 'B' and (resid 1354 through 1415 or resid 1417 through 1659))BB1354 - 14154 - 65
221GLYGLYLEULEU(chain 'B' and (resid 1354 through 1415 or resid 1417 through 1659))BB1417 - 165967 - 309
132ASPASPPROPROchain 'C'CC207 - 2231 - 17
232ASPASPPROPROchain 'D'DD207 - 2231 - 17

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Talin-1


分子量: 32574.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26039
#2: タンパク質・ペプチド Cyclin-dependent kinase 1 / CDK1 / Cell division control protein 2 homolog / Cell division protein kinase 1 / p34 protein kinase


分子量: 1980.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P06493, UniProt: P26039*PLUS, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3 / 参照: UniProt: P06493*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 % / 解説: Stacked needles
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Na citrate pH 5.6, 20% Isopropanol and 20% PEG4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→46.15 Å / Num. obs: 32879 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 32.28 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.28→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 1.309 / Num. unique obs: 2498 / CC1/2: 0.541 / Rpim(I) all: 0.652 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X0C

2x0c


解像度: 2.28→46.15 Å / SU ML: 0.317 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8132
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2618 1634 4.98 %RANDOM
Rwork0.2144 31187 --
obs0.2167 32821 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→46.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4808 0 13 167 4988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00274892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52056630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.42161823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.350.3391380.30172498X-RAY DIFFRACTION98.51
2.35-2.420.31591430.28372548X-RAY DIFFRACTION99.59
2.42-2.510.35361380.27662578X-RAY DIFFRACTION99.6
2.51-2.610.34311200.25282571X-RAY DIFFRACTION99.01
2.61-2.730.31211350.23922571X-RAY DIFFRACTION99.56
2.73-2.870.24931350.23142584X-RAY DIFFRACTION99.82
2.87-3.050.27351280.23042597X-RAY DIFFRACTION99.74
3.05-3.290.26481440.2312566X-RAY DIFFRACTION99.23
3.29-3.620.25631220.21052640X-RAY DIFFRACTION99.86
3.62-4.140.23061500.18322609X-RAY DIFFRACTION99.75
4.14-5.220.2171230.18552666X-RAY DIFFRACTION99.57
5.22-46.150.23811580.17972759X-RAY DIFFRACTION99.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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