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万見
- PDB-2v3z: Glu383Ala Escherichia coli aminopeptidase P in complex with substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v3z
タイトルGlu383Ala Escherichia coli aminopeptidase P in complex with substrate
要素
  • TRIPEPTIDE (VALINE-PROLINE-LEUCINE)
  • XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / 'PITA-BREAD' ENZYME / PROLINE- SPECIFIC ENZYME / AMINOPEPTIDASE P / MANGANESE ENZYME / PROTEASE / MANGANESE / METAL-BINDING / METALLOENZYME / AMINOPEPTIDASE / METALLOPROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xaa-Pro aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Graham, S.C. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: Complexes of Mutants of Escherichia Coli Aminopeptidase P and the Tripeptide Substrate Valproleu.
著者: Graham, S.C. / Guss, J.M.
履歴
登録2007年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: TRIPEPTIDE (VALINE-PROLINE-LEUCINE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1755
ポリマ－50,0292
非ポリマー1453
水13,169731
1
A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: TRIPEPTIDE (VALINE-PROLINE-LEUCINE)
ヘテロ分子

A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: TRIPEPTIDE (VALINE-PROLINE-LEUCINE)
ヘテロ分子

A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: TRIPEPTIDE (VALINE-PROLINE-LEUCINE)
ヘテロ分子

A: XAA-PRO AMINOPEPTIDASE
B: TRIPEPTIDE (VALINE-PROLINE-LEUCINE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,69920
ポリマ－200,1188
非ポリマー58112
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area16320 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area84310 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)177.695, 177.695, 96.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 XAA-PRO AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P / X-PRO AMINOPEPTIDASE / AMINOPEPTIDASE P II / APP-II / AMINOACYLPROLINE AMINOPEPTIDASE


分子量: 49702.027 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PPL670 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P15034, Xaa-Pro aminopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド TRIPEPTIDE (VALINE-PROLINE-LEUCINE)


分子量: 327.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRIPEPTIDE SUBSTRATE OF AMINOPEPTIDASE P / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 383 TO ALA RELEASE OF ANY N-TERMINAL AMINO ACID, INCLUDING ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 383 TO ALA RELEASE OF ANY N-TERMINAL AMINO ACID, INCLUDING PROLINE, THAT IS LINKED TO PROLINE, EVEN FROM A DIPEPTIDE OR TRIPEPTIDE
配列の詳細E383A MUTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.1 %
解説: STARTING MODEL WAS STRIPPED OF LIGANDS, SOLVENT AND ALTERNATE CONFORMERS BEFORE REFINEMENT
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CRYSTALLISED IN 30% PEG 4K, 0.1 M TRIS PH 8.8 AT 277K. SOAKED IN 30% PEG 4K, 0.1 M TRIS PH 8.5, 1 MM MNCL2, 5 MM VAL-PRO-LEU, 10% MPD FOR 30 MIN AT 277K IMMEDIATELY PRIOR TO DATA COLLECTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 125677 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 17.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WL9

1wl9


解像度: 1.56→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.35 / SU ML: 0.026 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15 3825 3 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.14 121838 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.05 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3519 0 3 731 4253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.9585169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90236327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8325490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31523.568199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.15615659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3671538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.22822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22019
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3580.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3260.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.20623033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.39633738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.92341698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.761408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.215 280
Rwork0.195 8915
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5495-0.104-0.07810.4222-0.15711.07140.03510.05180.0318-0.0088-0.0277-0.015-0.04070.0456-0.00740.00910.0153-0.00650.04510.00330.043365.62573.94647.611
21.3863-0.04240.64130.44730.01050.63-0.10230.03860.13880.05360.01550.017-0.13990.03270.08680.02040.0186-0.02010.01260.0120.034959.32984.8948.863
30.3469-0.14420.09510.4011-0.10360.84610.00580.0159-0.05890.0143-0.0260.05310.176-0.00510.02010.04310.01770.0140.0126-0.00410.039167.19944.54950.41
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A55 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3A167 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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