PDB-2uum: Crystal structure of C-phycocyanin from Phormidium, Lyngbya spp. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uum

タイトル

Crystal structure of C-phycocyanin from Phormidium, Lyngbya spp. (Marine) and Spirulina sp. (Fresh water) shows two different ways of energy transfer between two hexamers.

要素

(C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN) x 2
C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS / SPIRULINA SP / C-PHYCOCYANIN / PHYCOBILISOME / MARINE / TRANSPORT / LYNGBYA SP / PHORMIDIUM / CHROMOPHORE / FRESH WATER / METHYLATION / BILE PIGMENT

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

SPIRULINA SP. (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Satyanarayana, L. / Patel, A. / Mishra, S. / K Ghosh, P. / Suresh, C.G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of C-Phycocyanin from Phormidium, Lyngbya Spp. (Marine) and Spirulina Sp. (Fresh Water) Shows Two Different Ways of Energy Transfer between Two Hexamers.
著者: Satyanarayana, L. / Patel, A. / Mishra, S. / Ghosh, P.K. / Suresh, C.G.

履歴

登録	2007年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.0	2025年12月10日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_modification_feature.auth_comp_id / _pdbx_modification_feature.label_comp_id / _pdbx_modification_feature.ref_comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uum.cif.gz	747.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uum.ent.gz	634.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2uum_validation.pdf.gz	10 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2uum_full_validation.pdf.gz	10.4 MB	表示
XML形式データ	2uum_validation.xml.gz	201.1 KB	表示
CIF形式データ	2uum_validation.cif.gz	223.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uunC 1gh0S 2uul S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ha7-2 2uul-1 2uun-2 1gh0-2 1gh0-1 2uun-1 4ziz-1 5o7m-1 5tou-d 6y3d-d 2uul-2 4h0m-2 4h0m-1 6jpr-d 1ha7-1 1ktp-2 1jbo-1 5mjm-1 5mjq-1 1i7y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

B: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

C: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

D: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

E: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

F: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

G: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

H: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

I: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

J: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

K: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

L: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

M: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

N: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

O: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

P: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

Q: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

R: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

S: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

T: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

U: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

V: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

W: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

X: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

ヘテロ分子

449 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

B: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

C: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

D: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

E: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

F: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

G: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

H: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

I: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

J: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

K: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

L: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

N: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

O: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

P: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

Q: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

R: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

S: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

T: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

U: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

V: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

W: C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN

X: C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.332, 115.639, 183.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 162	1 - 162
2	1	C	C	1 - 162	1 - 162
3	1	E	E	1 - 162	1 - 162
4	1	G	G	1 - 162	1 - 162
5	1	I	I	1 - 162	1 - 162
6	1	K	K	1 - 162	1 - 162
7	1	M	M	1 - 162	1 - 162
8	1	O	O	1 - 162	1 - 162
9	1	Q	Q	1 - 162	1 - 162
10	1	S	S	1 - 162	1 - 162
11	1	U	U	1 - 162	1 - 162
12	1	W	W	1 - 162	1 - 162
1	2	B	B	1 - 172	1 - 172
2	2	D	D	1 - 172	1 - 172
3	2	F	F	1 - 172	1 - 172
4	2	H	H	1 - 172	1 - 172
5	2	J	J	1 - 172	1 - 172
6	2	L	L	1 - 172	1 - 172
7	2	N	N	1 - 172	1 - 172
8	2	P	P	1 - 172	1 - 172
9	2	R	R	1 - 172	1 - 172
10	2	T	T	1 - 172	1 - 172
11	2	V	V	1 - 172	1 - 172
12	2	X	X	1 - 172	1 - 172

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	C-PHYCOCYANIN ALPHA CHAIN 分子量: 17602.820 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTIENE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS 由来: (天然) SPIRULINA SP. (バクテリア) / 参照: UniProt: P72509
#2: タンパク質	C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN 分子量: 18080.496 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTIENE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS. 由来: (天然) SPIRULINA SP. (バクテリア) / 参照: UniProt: P72508
#3: タンパク質	C-PHYCOCYANIN BETA CHAIN 分子量: 18152.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTIENE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS. 由来: (天然) SPIRULINA SP. (バクテリア) / 参照: UniProt: P72508
#4: 化合物	... ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SPECIES FROM WHICH THE PROTEIN HAS BEEN EXTRACTED IS CURRENTLY UNKNOWN. IN THE PDB ENTRY IT HAS ...THE SPECIES FROM WHICH THE PROTEIN HAS BEEN EXTRACTED IS CURRENTLY UNKNOWN. IN THE PDB ENTRY IT HAS BEEN MATCHED TO SPIRULINA PLATENSIS WHICH HAS A SEQUENCE IDENTITY OF 98.14% (162 AMINO ACIDS) AND 97.674% (172 AMINO ACID CHAINS) AND HAS THE SAME GRANDPARENT IN THE TAXONOMY TREE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.01M SODIUM PHOSPHATE PH 6.5, 0.72 M SOD. FORMATE, AND 13.5% PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→40 Å / Num. obs: 86909 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 10 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.19
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GH0

1gh0

解像度: 3→182.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 17.981 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	4331	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	82635	96.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0.13 Å²
2-	-	4.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→182.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29897	0	1548	163	31608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	32003
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.378	2.023	43552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.537	5	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.315	24.095	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.192	15	4912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.018	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	24392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.2	17031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	22961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.475	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.348	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.645	1.5	20171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.117	2	31571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.367	3	24685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.154	4.5	11981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1229	tight positional	0.08	0.05
1	2	C	1229	tight positional	0.09	0.05
1	3	E	1229	tight positional	0.08	0.05
1	4	G	1229	tight positional	0.08	0.05
1	5	I	1229	tight positional	0.08	0.05
1	6	K	1229	tight positional	0.09	0.05
1	7	M	1229	tight positional	0.09	0.05
1	8	O	1229	tight positional	0.09	0.05
1	9	Q	1229	tight positional	0.08	0.05
1	10	S	1229	tight positional	0.08	0.05
1	11	U	1229	tight positional	0.08	0.05
1	12	W	1229	tight positional	0.08	0.05
2	1	B	1254	tight positional	0.07	0.05
2	2	D	1254	tight positional	0.09	0.05
2	3	F	1254	tight positional	0.08	0.05
2	4	H	1254	tight positional	0.09	0.05
2	5	J	1254	tight positional	0.09	0.05
2	6	L	1254	tight positional	0.07	0.05
2	7	N	1254	tight positional	0.08	0.05
2	8	P	1254	tight positional	0.08	0.05
2	9	R	1254	tight positional	0.08	0.05
2	10	T	1254	tight positional	0.07	0.05
2	11	V	1254	tight positional	0.09	0.05
2	12	X	1254	tight positional	0.08	0.05
1	1	A	1229	tight thermal	0.16	0.5
1	2	C	1229	tight thermal	0.15	0.5
1	3	E	1229	tight thermal	0.15	0.5
1	4	G	1229	tight thermal	0.15	0.5
1	5	I	1229	tight thermal	0.16	0.5
1	6	K	1229	tight thermal	0.14	0.5
1	7	M	1229	tight thermal	0.17	0.5
1	8	O	1229	tight thermal	0.15	0.5
1	9	Q	1229	tight thermal	0.15	0.5
1	10	S	1229	tight thermal	0.15	0.5
1	11	U	1229	tight thermal	0.15	0.5
1	12	W	1229	tight thermal	0.15	0.5
2	1	B	1254	tight thermal	0.14	0.5
2	2	D	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	3	F	1254	tight thermal	0.14	0.5
2	4	H	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	5	J	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	6	L	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	7	N	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	8	P	1254	tight thermal	0.14	0.5
2	9	R	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	10	T	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	11	V	1254	tight thermal	0.15	0.5
2	12	X	1254	tight thermal	0.16	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.313	321
R_work	0.256	5834

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)