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万見
- PDB-2qa0: Structure of Adeno-Associated virus serotype 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qa0
タイトルStructure of Adeno-Associated virus serotype 8
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / beta-barrel / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nam, H.-J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Structure of adeno-associated virus serotype 8, a gene therapy vector.
著者: Nam, H.J. / Lane, M.D. / Padron, E. / Gurda, B. / McKenna, R. / Kohlbrenner, E. / Aslanidi, G. / Byrne, B. / Muzyczka, N. / Zolotukhin, S. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5512
ポリマ－58,5281
非ポリマー231
水1,60389
1
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,513,081120
ポリマ－3,511,70260
非ポリマー1,37960
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 293 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,75710
ポリマ－292,6425
非ポリマー1155
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 351 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,30812
ポリマ－351,1706
非ポリマー1386
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 586 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)585,51420
ポリマ－585,28410
非ポリマー23010
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)254.840, 254.840, 445.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.56366032, 0.7557619, 0.33333315), (-0.75576191, 0.30901699, 0.57734949), (0.33333314, -0.57734949, 0.74535668)74.07677, -18.82507, -56.58949
3generate(-0.14235213, 0.46708654, 0.87267751), (-0.46708655, -0.809017, 0.35682161), (0.8726775, -0.35682161, 0.33333513)82.74048, -113.29864, -63.20797
4generate(-0.14235213, -0.46708655, 0.87267751), (0.46708655, -0.80901699, -0.35682161), (0.87267751, 0.3568216, 0.33333513)14.01818, -152.86146, -10.70891
5generate(0.56366031, -0.75576191, 0.33333315), (0.75576191, 0.309017, -0.5773495), (0.33333315, 0.57734948, 0.74535668)-37.11825, -82.83905, 28.35576
6generate(0.64234943, 0.7557619, 0.12732301), (0.17841008, -0.309017, 0.93417254), (0.745357, -0.57734949, -0.33333243)86.99097, -223.05776, 11.03054
7generate(-0.1666682, 0.64549663, 0.74535616), (0.64549663, -0.50000001, 0.57735093), (0.74535617, 0.57735093, -0.3333318)113.14173, -256.8888, 95.97594
8generate(-0.3333341, -0.35682305, 0.87267731), (0.93417199, 0.35682305), (-0.12732269, 0.93417199, 0.3333341)46.46464, -232.33196, 159.18392
9generate(0.37267834, -0.8660254, 0.33333295), (0.64549663, 0.5, 0.57735093), (-0.66666705, -8.9E-7, 0.74535565)-20.89482, -183.32396, 113.30321
10generate(0.97568392, -0.17841009, -0.12732134), (0.17841008, 0.30901699, 0.93417255), (-0.12732134, -0.93417254, 0.33333307)4.15183, -177.59218, 21.73939

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 58528.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
属: Dependovirus / 株: serotype 8 / 遺伝子: VP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q8JQF8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1M NaCl, 4% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F110.9175
シンクロトロンAPS 22-ID20.9764
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 41CCD
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91751
20.97641
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 258784 / Num. obs: 202494 / % possible obs: 78.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 15888 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 62.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LP3

1lp3


解像度: 2.6→40 Å / 交差検証法: throughtout / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 9940 -random
Rwork0.255 ---
all-258784 --
obs-202050 78.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.91 Å20 Å20 Å2
2--7.91 Å20 Å2
3----15.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4136 0 1 89 4226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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