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万見
- PDB-4v86: Structure-function Analysis of Receptor-binding in Adeno-Associat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v86
タイトルStructure-function Analysis of Receptor-binding in Adeno-Associated Virus Serotype 6 (AAV-6)
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS / beta barrel
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus - 6 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.003 Å
データ登録者Xie, Q.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2011
タイトル: Structure-function analysis of receptor-binding in adeno-associated virus serotype 6 (AAV-6).
著者: Xie, Q. / Lerch, T.F. / Meyer, N.L. / Chapman, M.S.
履歴
登録2011年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3TSX, 1VU0, 1VU1
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
U: Capsid protein VP1
V: Capsid protein VP1
W: Capsid protein VP1
X: Capsid protein VP1
Y: Capsid protein VP1
Z: Capsid protein VP1
a: Capsid protein VP1
b: Capsid protein VP1
c: Capsid protein VP1
d: Capsid protein VP1
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f: Capsid protein VP1
g: Capsid protein VP1
h: Capsid protein VP1
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j: Capsid protein VP1
k: Capsid protein VP1
l: Capsid protein VP1
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o: Capsid protein VP1
p: Capsid protein VP1
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r: Capsid protein VP1
s: Capsid protein VP1
t: Capsid protein VP1
u: Capsid protein VP1
v: Capsid protein VP1
w: Capsid protein VP1
x: Capsid protein VP1
y: Capsid protein VP1
z: Capsid protein VP1
0: Capsid protein VP1
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
7: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,501,63660
ポリマ－3,501,63660
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)354.793, 363.897, 371.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein VP1


分子量: 58360.598 Da / 分子数: 60 / 断片: UNP residues 217-736 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 6 (アデノ随伴ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O56137

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 4-6% PEG6000, 100 mM HEPES, 50 mM magnesium chloride,, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月1日
放射モノクロメーター: Single-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.003→49.21 Å / Num. all: 332221 / Num. obs: 332221 / % possible obs: 42 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 3.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
GLRF位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.003→49.21 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.96 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 3268 0.98 %
Rwork0.251 --
obs0.2513 332221 35.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.443 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 149.19 Å2 / Biso mean: 62.7664 Å2 / Biso min: 35.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3052 Å2-0 Å20 Å2
2---14.6931 Å20 Å2
3---17.0997 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.003→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数82420 0 0 0 82420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012254820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.203347520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07436240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00646020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.97391320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.003-3.30510.39086090.4001622346284327
3.3051-3.78320.35668120.3244843348514636
3.7832-4.76580.28749600.2374955519651141
4.7658-49.21690.2218870.1821868348772137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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