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- PDB-2ona: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40 -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ona

タイトル

MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

要素

MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

キーワード

PROTEIN FIBRIL / steric zipper / beta sheet

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Sambashivan, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers.
著者: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2007年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ona.cif.gz	11.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ona.ent.gz	7.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ona.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/2ona ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/2ona	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2okzC 2ol9C 2olxC 2ommC 2ompC 2omqC 2on9C 2onvC 2onwC 2onxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kh0-2 3twg-d 1mv1-d 4cvd-d 454d-2 1gab-d 3aug-2 1kjk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

B: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

C: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

D: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

2.24 kDa, 4 ポリマー
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1

A: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

B: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

C: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

D: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

A: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

B: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

C: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

D: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

登録者が定義した集合体
4.49 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	25.862, 9.699, 15.851
Angle α, β, γ (deg.)	77.180, 74.690, 86.930
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 6 / Label seq-ID: 1 - 6

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

詳細

The steric zipper can be generated by repeated application of the crystallographic unit cell translation along the b axis.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド	MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40 分子量: 560.707 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 35-40 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30 mg/mL peptide in water mixed 1:1 with reservoir containing 0.02 M CaCl2, 30% MPD, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9466
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9466 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→90 Å / Num. obs: 409 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Χ²: 1.068 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.222 / Num. unique all: 163 / Χ²: 1.124 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: polyalanine idealized beta strand

解像度: 2.03→24.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.305 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.481 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	44	10.8 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.211	409	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0.28 Å²	0.26 Å²
2-	-	0.1 Å²	-0.07 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→24.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	152	0	0	6	158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.023	148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	80
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.254	2.057	196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.669	3	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.56	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.457	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.14	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.177	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.096	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.732	2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.456	2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.821	3	176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.08	2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.628	3	20

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	33	MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
2	B	33	MEDIUM POSITIONAL	0.55	0.5
3	C	33	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
4	D	33	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
1	A	25	LOOSE POSITIONAL	0.8	5
2	B	25	LOOSE POSITIONAL	1.03	5
3	C	25	LOOSE POSITIONAL	0.6	5
4	D	25	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
1	A	33	MEDIUM THERMAL	0.46	2
2	B	33	MEDIUM THERMAL	0.49	2
3	C	33	MEDIUM THERMAL	0.54	2
4	D	33	MEDIUM THERMAL	0.69	2
1	A	25	LOOSE THERMAL	1.57	10
2	B	25	LOOSE THERMAL	1.41	10
3	C	25	LOOSE THERMAL	1.03	10
4	D	25	LOOSE THERMAL	2.09	10

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.085 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	1	-
R_work	0.208	24	-
obs	-	25	37.31 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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