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- PDB-2ona: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ona
タイトルMVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
要素MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
キーワードPROTEIN FIBRIL / steric zipper / beta sheet
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Sambashivan, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers.
著者: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D.
履歴
登録2007年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
B: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
C: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
D: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2434
ポリマ－2,2434
非ポリマー00
水1086
1
A: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
B: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
C: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
D: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40

A: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
B: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
C: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40
D: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4868
ポリマ－4,4868
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.862, 9.699, 15.851
Angle α, β, γ (deg.)77.180, 74.690, 86.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 6 / Label seq-ID: 1 - 6

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The steric zipper can be generated by repeated application of the crystallographic unit cell translation along the b axis.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta, residues 35-40


分子量: 560.707 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 35-40 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30 mg/mL peptide in water mixed 1:1 with reservoir containing 0.02 M CaCl2, 30% MPD, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9466
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9466 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→90 Å / Num. obs: 409 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Num. unique all: 163 / Χ2: 1.124 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: polyalanine idealized beta strand

解像度: 2.03→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.305 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.481 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 44 10.8 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.211 409 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.788 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.28 Å20.26 Å2
2--0.1 Å2-0.07 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数152 0 0 6 158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2542.057196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6693204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.56520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.4571524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1590.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.140.266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1770.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7322137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.456252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8213176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.628320
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A33MEDIUM POSITIONAL0.490.5
2B33MEDIUM POSITIONAL0.550.5
3C33MEDIUM POSITIONAL0.140.5
4D33MEDIUM POSITIONAL0.170.5
1A25LOOSE POSITIONAL0.85
2B25LOOSE POSITIONAL1.035
3C25LOOSE POSITIONAL0.65
4D25LOOSE POSITIONAL0.55
1A33MEDIUM THERMAL0.462
2B33MEDIUM THERMAL0.492
3C33MEDIUM THERMAL0.542
4D33MEDIUM THERMAL0.692
1A25LOOSE THERMAL1.5710
2B25LOOSE THERMAL1.4110
3C25LOOSE THERMAL1.0310
4D25LOOSE THERMAL2.0910
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.085 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 1 -
Rwork0.208 24 -
obs-25 37.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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