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万見
- PDB-3twg: Crystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3twg
タイトルCrystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alpha4F3af3d
要素alpha4F3af3d
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha helix / de novo designed / fluorinated protein
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the enhanced stability of highly fluorinated proteins.
著者: Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha4F3af3d
B: alpha4F3af3d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3372
ポリマ－7,3372
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: alpha4F3af3d
B: alpha4F3af3d

A: alpha4F3af3d
B: alpha4F3af3d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6734
ポリマ－14,6734
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
3
A: alpha4F3af3d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6681
ポリマ－3,6681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: alpha4F3af3d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6681
ポリマ－3,6681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.956, 36.363, 41.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-35-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド alpha4F3af3d


分子量: 3668.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 48% PEG600, 0.1M Tris pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. all: 5317 / Num. obs: 5280 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.816 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.72-1.7510.70.5232430.4861100
1.75-1.7810.60.4252620.471100
1.78-1.8210.70.3582650.4961100
1.82-1.8510.60.272550.4891100
1.85-1.8910.70.232540.5211100
1.89-1.9410.70.1752610.5171100
1.94-1.9910.50.1272640.6071100
1.99-2.0410.90.1162620.621100
2.04-2.110.50.0862500.6731100
2.1-2.1710.70.0712700.8111100
2.17-2.2410.70.0622591.0591100
2.24-2.3310.60.0562651.0371100
2.33-2.4410.40.0562641.1431100
2.44-2.5710.60.0592621.1191100
2.57-2.7310.20.0592631.1181100
2.73-2.94100.0572681.1761100
2.94-3.249.60.0532760.9441100
3.24-3.719.80.0392780.9811100
3.71-4.679.40.0352791.118198.9
4.67-5080.0342801.01189.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER1.6.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→9.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9316 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9254 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2898 239 4.57 %RANDOM
Rwork0.2413 ---
obs0.2437 5229 --
原子変位パラメータBiso max: 119.58 Å2 / Biso mean: 45.824 Å2 / Biso min: 21.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5418 Å20 Å20 Å2
2--1.6988 Å20 Å2
3----3.2407 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.343 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→9.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数433 0 0 19 452
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d157SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes14HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes62HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it462HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd26SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion36SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact409SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d462HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg654HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.12
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.92 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 77 5.3 %
Rwork0.2416 1376 -
all0.2448 1453 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0676-1.8714-0.17747.66592.59315.26360.1604-0.0032-0.1583-0.15420.02230.21580.1910.0827-0.1827-0.10680.0308-0.0083-0.03120.0260.014-6.83120.0711-3.3089
26.13492.1830.5534.71730.95058.3155-0.0950.27960.1065-0.52920.1683-0.20090.17460.0808-0.0733-0.02730.00310.0808-0.13710.0298-0.0088-0.96176.9567-4.3834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|26 }A5 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|25 }B1 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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