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- PDB-3twg: Crystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3twg | ||||||
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Title | Crystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alpha4F3af3d | ||||||
![]() | alpha4F3af3d | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / alpha helix / de novo designed / fluorinated protein | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the enhanced stability of highly fluorinated proteins. Authors: Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 32.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 26.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 444 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3668.335 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: synthesized #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.83 Å3/Da / Density % sol: 32.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 48% PEG600, 0.1M Tris pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.72→50 Å / Num. all: 5317 / Num. obs: 5280 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.816 / Net I/σ(I): 11.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso max: 119.58 Å2 / Biso mean: 45.824 Å2 / Biso min: 21.59 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.343 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→9.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.72→1.92 Å / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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