+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ol9 | ||||||
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Title | Peptide corresponding to residues 170-175 of human prion | ||||||
Components | peptide from human prion | ||||||
Keywords | PROTEIN FIBRIL / steric zipper / beta sheet | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 0.85 Å | ||||||
Authors | Apostol, M.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2007 Title: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers. Authors: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ol9.cif.gz | 10 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ol9.ent.gz | 6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ol9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2ol9_validation.pdf.gz | 367.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2ol9_full_validation.pdf.gz | 367.2 KB | Display | |
Data in XML | 2ol9_validation.xml.gz | 2.3 KB | Display | |
Data in CIF | 2ol9_validation.cif.gz | 2.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2ol9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2okzC 2olxC 2ommC 2ompC 2omqC 2on9C 2onaC 2onvC 2onwC 2onxC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 722.704 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 170-175 / Source method: obtained synthetically Details: This sequence is taken from residues 170-175 of human prion |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 200 mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.8856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 14, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 48.7 / Number: 9598 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 1.2 / D res high: 0.85 Å / D res low: 90 Å / Num. obs: 2681 / % possible obs: 82.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 0.85→90 Å / Num. all: 2681 / Num. obs: 2681 / % possible obs: 82.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 4.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 1.195 / Net I/σ(I): 48.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: idealized 6 residue beta strand Resolution: 0.85→14.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.992 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.989 / SU B: 0.242 / SU ML: 0.007 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.011 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 1.335 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.85→14.29 Å /
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 0.85→0.873 Å / Total num. of bins used: 20
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