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- PDB-2o5y: Crystal structure of the 1E9 LeuH47Trp/ArgH100Trp Fab progesteron... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5y
タイトルCrystal structure of the 1E9 LeuH47Trp/ArgH100Trp Fab progesterone complex
要素(chimeric antibody Fab 1E9-DB3) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / chimeric Fab / antibody engineering / evolution of ligand recognition
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PROGESTERONE
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Verdino, P. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Closely related antibody receptors exploit fundamentally different strategies for steroid recognition.
著者: Verdino, P. / Aldag, C. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the protein. The protein ...SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the protein. The protein was designed using variable domains from mouse and the constant domains from humans

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,13216
ポリマ－48,5692
非ポリマー1,56314
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA, PQS
2
H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,26432
ポリマ－97,1374
非ポリマー3,12728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
crystal symmetry operation3_654-x+y+1,-x,z-1/31
crystal symmetry operation4_655y+1,x,-z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area43700 Å2
手法PISA
3
L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子

L: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
H: chimeric antibody Fab 1E9-DB3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,26432
ポリマ－97,1374
非ポリマー3,12728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area14220 Å2
ΔGint-334 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.354, 128.354, 91.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 chimeric antibody Fab 1E9-DB3


分子量: 24143.002 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 変異: G63S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-1E9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体 chimeric antibody Fab 1E9-DB3


分子量: 24425.525 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 変異: L47W, M87T, R100W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: p4xH-1E9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium citrate, 0.01% PEG 20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 21201 / Num. obs: 20438 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 11.1 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 38.2 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: rigid body refinement / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 24.013 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23586 1034 5.1 %RANDOM
Rwork0.18344 ---
all0.18607 19683 --
obs0.18607 19177 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.127 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å21.62 Å20 Å2
2--3.23 Å20 Å2
3----4.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 88 65 3502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.9764805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1745435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90124.593135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.0215554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.889159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.22384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5551.52203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05623524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67331488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7634.51281
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 73 -
Rwork0.276 1426 -
obs--98.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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