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万見
- PDB-2k66: NMR solution structure of the d3'-stem closed by a GAAA tetraloop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k66
タイトルNMR solution structure of the d3'-stem closed by a GAAA tetraloop of the group II intron Sc.ai5(gamma)
要素5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*AP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*UP*AP*CP*UP*CP*C)-3'
キーワードRNA / group II intron / ribozyme / splicing / d3'-stem / GAAA tetraloop / RNA 22-mer / hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Kruschel, D. / Sigel, R.K.O.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: NMR structure of the 5' splice site in the group IIB intron Sc.ai5 gamma--conformational requirements for exon-intron recognition.
著者: Kruschel, D. / Skilandat, M. / Sigel, R.K.
履歴
登録2008年7月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32014年3月12日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*AP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*UP*AP*CP*UP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0821
ポリマ－7,0821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*AP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*UP*AP*CP*UP*CP*C)-3'


分子量: 7082.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
2412D 1H-1H TOCSY
3522D 1H-1H NOESY
4622D 1H-1H NOESY
5732D 1H-13C HSQC
6842D 1H-15N HSQC
7942D JNN HNN-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9-1.3 mM RNA (22-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
20.9-1.3 mM RNA (22-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (22-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
41.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (22-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMRNA (22-MER)1
10 mMpotassium chloride1
10 uMEDTA1
0.9 mMRNA (22-MER)2
10 mMpotassium chloride2
10 uMEDTA2
1.0 mMRNA (22-MER)[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMpotassium chloride3
10 uMEDTA3
1.0 mMRNA (22-MER)[U-100% 13C; U-100% 15N]4
10 mMpotassium chloride4
10 uMEDTA4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1106.0-6.1 ambient 293 K
2106.0-6.1 ambient 303 K
3106.2ambient 278 K
4106.2ambient 293 K
5106.4ambient 303 K
6106.4ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3, 2.0, 2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
Sparky3.1Goddardデータ解析
Sparky3.1Goddardpeak picking
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrich構造決定
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIH2.16Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 471 / NOE intraresidue total count: 157 / NOE long range total count: 86 / NOE medium range total count: 0 / NOE sequential total count: 228
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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