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万見
- PDB-1kxk: Crystal Structure of a RNA Molecule Containing Domain 5 and 6 of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kxk
タイトルCrystal Structure of a RNA Molecule Containing Domain 5 and 6 of the Yeast ai5g Group II Self-splicing Intron
要素ai5g group II Self-splicing intron
キーワードRNA / double helix / tetraloop / tetraloop receptor / two-nucleotide bulge
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, L. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Structural insights into group II intron catalysis and branch-site selection.
著者: Zhang, L. / Doudna, J.A.
履歴
登録2002年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ai5g group II Self-splicing intron
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6693
ポリマ－22,6201
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.987, 90.987, 235.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 ai5g group II Self-splicing intron


分子量: 22620.477 Da / 分子数: 1 / 断片: domain 5 and 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE SEQUENCE IS FROM Saccharomyces cerevisiae (yeast). in vitro transcription.
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES-KOH, magnesium chloride, ammonium sulfate, spermine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES-KOH11
2MgCl11
3ammonium sulfate11
4spermine11
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15-6 mg/mlRNA1drop
22.5 mM1dropMgCl2
310 mMHEPES-KOH1droppH7.0
450 mMHEPES-KOH1reservoirpH7.0
510 mM1reservoirMgCl2
61-1.2 Mammonium sulfate1reservoir
70.1 mMspermine1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1
シンクロトロンNSLS X2520.92, 0.9194, 0.9273, 0.9020
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年4月22日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年4月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) or (220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) or (220)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.921
30.91941
40.92731
50.9021
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 12289 / Num. obs: 10014 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.5 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 51.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 85.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→30 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1031 -random
Rwork0.2476 ---
all0.2497 12289 --
obs0.2497 10014 81.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1497 2 0 1499
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4421 46 -
Rwork0.4186 --
obs--51.3 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006591
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.15807
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.4186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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