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- PDB-280d: THE STRUCTURE OF AN RNA DODECAMER SHOWS HOW TANDEM U-U BASE PAIRS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 280d
タイトルTHE STRUCTURE OF AN RNA DODECAMER SHOWS HOW TANDEM U-U BASE PAIRS INCREASE THE RANGE OF STABLE RNA STRUCTURES AND THE DIVERSITY OF RECOGNITION SITES
要素RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')
キーワードRNA / UNUSUAL RNA / DOUBLE HELIX / INTERNAL LOOP / MISMATCHED
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lietzke, S.E. / Barnes, C.L. / Kundrot, C.E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The structure of an RNA dodecamer shows how tandem U-U base pairs increase the range of stable RNA structures and the diversity of recognition sites.
著者: Lietzke, S.E. / Barnes, C.L. / Berglund, J.A. / Kundrot, C.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Data reduction from twinned RNA crystals
著者: Lietzke, S.E. / Carperos, V.E. / Kundrot, C.E.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystallization of Ribozymes and Small RNA Motifs by a Sparse Matrix Approach
著者: Doudna, J.A. / Grosshans, C. / Gooding, A. / Kundrot, C.E.
履歴
登録1996年8月22日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2814
ポリマ－15,2814
非ポリマー00
水2,846158
1
A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6412
ポリマ－7,6412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6412
ポリマ－7,6412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.440, 28.910, 46.460
Angle α, β, γ (deg.)98.87, 72.95, 96.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*GP*UP*C)-3')


分子量: 3820.296 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
解説: THE DODECAMER WAS PREPARED BY TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE FROM A SINGLE STRANDED DNA TEMPLATE.
プラスミド: PAR1219 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
解説: THE CRYSTALS WERE TWINNED; DATA FROM EACH LATTICE WAS INDIVIDUALLY PROCESSED WITH XDS AND A SET OF PROGRAMS DESCRIBED IN REFERENCE 1. DATA FROM THE TWO LATTICES WERE THEN MERGED WITH XSCALE.
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MGCL211
4NA CACODYLATE11
5NH4 ACETATE11
6WATER12
7MPD12
8MGCL212
9NA CACODYLATE12
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.63 mg/mlRNA1drop
212.5 mM1dropMgCl2
325 mMsodium cacodylate1drop
42.5 %MPD1dropor 5 %
5100-300 mMammonium acetate1drop
65 %MPD1reservoirot 10 %
750 mMsodium cacodylate1reservoir
81
91

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年3月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 5429 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 44.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.6 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 8.05 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 26632
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.6 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.05

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HELIX 1 OF THE RNA DODECAMER CONTAINING THE E. COLI SHINE DALGARNO SEQUENCE (NDB ID ARL062) WITH THE SEQUENCE MUTATED TO R(GGCGCUUGCGUC).

解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 -0.1 %
Rwork0.191 --
obs0.191 5142 -
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1008 0 158 1166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.41 -
Rwork0.36 458
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1BERMANBERMAN
X-RAY DIFFRACTION2BERMANBERMAN
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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