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万見
- PDB-2iqa: PFA2 FAB fragment, monoclinic apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iqa
タイトルPFA2 FAB fragment, monoclinic apo form
要素(IgG2a Fab fragment PFA2 ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / pfa2 / wwddd / cdr
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / If kappa light chain / Anti-human Fc gamma receptor III 3G8 gamma heavy chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gardberg, A.S. / Dealwis, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Molecular basis for passive immunotherapy of Alzheimer's disease
著者: Gardberg, A.S. / Dice, L.T. / Ou, S. / Rich, R.L. / Helmbrecht, E. / Ko, J. / Wetzel, R. / Myszka, D.G. / Patterson, P.H. / Dealwis, C.
履歴
登録2006年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Presently, there is no aminoacid sequence database reference available for the two ...SEQUENCE Presently, there is no aminoacid sequence database reference available for the two proteins IGG2A FAB fragment heavy chain and IGG2A FAB fragment light chain kappa

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain
H: IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain
A: IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain
B: IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,99215
ポリマ－96,1024
非ポリマー89011
水4,900272
1
L: IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain
H: IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5148
ポリマ－48,0512
非ポリマー4636
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA, PQS
2
A: IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain
B: IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4787
ポリマ－48,0512
非ポリマー4275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.984, 73.412, 93.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a heterodimer.

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 LAHB

#1: 抗体 IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain


分子量: 24146.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 参照: UniProt: A2NHM3
#2: 抗体 IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain


分子量: 23903.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 参照: UniProt: Q811U5

-
非ポリマー , 4種, 283分子

#3: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
1,21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.45 Å / Num. obs: 70368 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique all: 6934 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
BIO-CARSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IQ9

2iq9


解像度: 2→33.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 5.731 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 3567 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 70337 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å2-2.18 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6696 0 57 272 7025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.9589471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1315885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22724.1261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.74151101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9341528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24611
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8161.54502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37127129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.732846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.544.52335
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 257 -
Rwork0.291 4835 -
obs-5092 97.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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