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- PDB-2he4: The crystal structure of the second PDZ domain of human NHERF-2 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2he4
タイトルThe crystal structure of the second PDZ domain of human NHERF-2 (SLC9A3R2) interacting with a mode 1 PDZ binding motif
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Phosphorylation / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


type 2 metabotropic glutamate receptor binding / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / phosphatase binding / protein-membrane adaptor activity / endomembrane system / protein localization to plasma membrane / beta-catenin binding / protein-containing complex assembly / apical plasma membrane / cadherin binding ...type 2 metabotropic glutamate receptor binding / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / phosphatase binding / protein-membrane adaptor activity / endomembrane system / protein localization to plasma membrane / beta-catenin binding / protein-containing complex assembly / apical plasma membrane / cadherin binding / signaling receptor binding / focal adhesion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Papagrigoriou, E. / Elkins, J.M. / Berridge, G. / Gileady, O. / Colebrook, S. / Gileadi, C. / Salah, E. / Savitsky, P. / Pantic, N. / Gorrec, F. ...Papagrigoriou, E. / Elkins, J.M. / Berridge, G. / Gileady, O. / Colebrook, S. / Gileadi, C. / Salah, E. / Savitsky, P. / Pantic, N. / Gorrec, F. / Bunkoczi, G. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Structure of PICK1 and other PDZ domains obtained with the help of self-binding C-terminal extensions.
著者: Elkins, J.M. / Papagrigoriou, E. / Berridge, G. / Yang, X. / Phillips, C. / Gileadi, C. / Savitsky, P. / Doyle, D.A.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9932
ポリマ－9,9311
非ポリマー621
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.803, 37.677, 40.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-100-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2 / NHERF-2 / Tyrosine kinase activator protein 1 / TKA-1 / SRY-interacting protein 1 / SIP- 1 / Solute ...NHERF-2 / Tyrosine kinase activator protein 1 / TKA-1 / SRY-interacting protein 1 / SIP- 1 / Solute carrier family 9 isoform A3 regulatory factor 2 / NHE3 kinase A regulatory protein E3KARP / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 2


分子量: 9931.314 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ 2 Domain (Residues 147-230) / 変異: D229G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A3R2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 Rosetta / 参照: UniProt: Q15599
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.82 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97646 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97646 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→39.97 Å / Num. all: 13265 / Num. obs: 13060 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 0.98 % / Rmerge(I) obs: 0.0385
反射 シェル解像度: 1.45→1.55 Å / 冗長度: 0.98 % / Rmerge(I) obs: 0.1403 / Mean I/σ(I) obs: 6.45 / Num. unique all: 2349 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1i92 and 1g9o

1i92

1g9o


解像度: 1.45→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.089 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18003 641 4.9 %RANDOM
Rwork0.12965 ---
all0.13203 13060 --
obs0.13203 12418 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.015 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.05 Å20 Å21.34 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数719 0 4 117 840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.988987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95731330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.535589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10921.11136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.6215134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5761513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.290.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8163470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.473182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6865732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2738290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.62411255
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.85131368
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.4183117
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.95431276
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 49 -
Rwork0.101 919 -
obs--98.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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