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- PDB-3sbw: Crystal structure of the complex between the extracellular domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sbw
タイトルCrystal structure of the complex between the extracellular domains of mouse PD-1 mutant and human PD-L1
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 1
  • Programmed cell death protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-1 / PD-L1 / B7-H1 / Programmed death-1 Ligand 1 / complex / costimulatory
機能・相同性
機能・相同性情報


Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway ...Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T cell apoptotic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Programmed cell death protein 1 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1 / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Lazar-Molnar, E. / Ramagopal, U.A. / Cao, E. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the complex between the extracellular domains of mouse PD-1 mutant and human PD-L1
著者: Lazar-Molnar, E. / Ramagopal, U.A. / Cao, E. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.22016年8月3日Group: Derived calculations
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Programmed cell death protein 1
C: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8943
ポリマ－51,8943
非ポリマー00
水2,342130
1
B: Programmed cell death protein 1
C: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6762
ポリマ－38,6762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
2
A: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2191
ポリマ－13,2191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.778, 62.843, 160.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The crystal corresponding to this particular PDB has the correct 1:1 PD-1:PD-L1 structure, as well as an additional artifactual PD-1 that is incorporated into the lattice.

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / Protein PD-1


分子量: 13218.794 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 34-150 / 変異: C83S, A132L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdcd1, Pd1 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q02242
#2: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 25456.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5, 20% PEG 8000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.071 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. all: 26816 / Num. obs: 26816 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.28-2.386.10.72926280.9831100
2.38-2.486.20.67726430.9941100
2.48-2.596.20.51126371.0261100
2.59-2.736.20.35926521.0061100
2.73-2.96.10.26126361.0331100
2.9-3.126.10.15726501.0131100
3.12-3.446.10.09926771.0571100
3.44-3.936.10.0726931.0561100
3.93-4.9560.04727400.981100
4.95-505.70.03728601.082199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NPU

1npu


解像度: 2.28→31.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.2576 / WRfactor Rwork: 0.2081 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8195 / SU B: 15.222 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.2881 / SU Rfree: 0.2359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 1339 5 %RANDOM
Rwork0.2184 ---
obs0.221 26756 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.79 Å2 / Biso mean: 43.3543 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2---1.72 Å20 Å2
3---2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→31.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3429 0 0 130 3559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9454792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4235432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.77424.821168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.41815598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3291519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.691.52166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29523520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8431355
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9694.51271
LS精密化 シェル解像度: 2.281→2.34 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 91 -
Rwork0.27 1630 -
all-1721 -
obs--88.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0615-1.1360.11722.0291-0.02731.3895-0.1619-0.13970.17840.15690.079-0.1439-0.13570.07970.08290.02680-0.01850.0624-0.020.0978-5.474-8.1184.044
23.05841.1432-0.02872.917-0.15522.8297-0.1110.31690.0544-0.33390.15320.2481-0.1429-0.2117-0.04220.0613-0.0089-0.02330.09780.00110.1411-14.9962.579-17.716
32.0882-0.0807-3.31470.0340.07576.1208-0.11960.12440.05950.0630.0344-0.06210.2824-0.55420.08520.30290.01480.02080.2798-0.03760.2441-8.986-11.546-49.921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 145
3X-RAY DIFFRACTION2B34 - 145
5X-RAY DIFFRACTION3C18 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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