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- PDB-2h6z: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant E44D in Hexagonal (p61) S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h6z
タイトルCrystal Structure of Thioredoxin Mutant E44D in Hexagonal (p61) Space Group
要素Thioredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin 1 / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Godoy-Ruiz, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2005
タイトル: A stability pattern of protein hydrophobic mutations that reflects evolutionary structural optimization.
著者: Godoy-Ruiz, R. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2006年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Other
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow ...database_2 / exptl_crystal_grow / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7015
ポリマ－23,3472
非ポリマー3553
水1,74797
1
A: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9103
ポリマ－11,6731
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7922
ポリマ－11,6731
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.916, 102.916, 42.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 11673.361 Da / 分子数: 2 / 変異: E44D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: Q2M889, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 3.5
詳細: 60% (v/v) MPD, Ac2Cu 1 mM, 15mM Hepes pH 7.0, pH 3.5, Counter-diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月23日 / 詳細: Montel Optics
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→51.46 Å / Num. all: 12447 / Num. obs: 12447 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.63 % / Biso Wilson estimate: 44.395 Å2 / Rsym value: 0.022 / Net I/σ(I): 29.91
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 12.91 % / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / Num. unique all: 786 / Rsym value: 0.2079 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
PROTEUM PLUS2データ削減
SADABSデータスケーリング
XPREPデータ削減
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2TRX

2trx


解像度: 2.25→51.434 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.27 / WRfactor Rwork: 0.21 / SU B: 18.615 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2901 1180 9.802 %random
Rwork0.228 ---
all0.234 12446 --
obs0.234 12038 96.761 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 43.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.759 Å2-0.379 Å20 Å2
2---0.759 Å20 Å2
3---1.138 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→51.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1627 0 24 97 1748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9892381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2135226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03426.19771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72515292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.176154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.19321134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88931777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1212690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6193602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.3080.4461070.3888030.39491499.562
2.308-2.3720.527880.3597840.37589297.758
2.372-2.440.521800.3447420.36285596.14
2.44-2.5150.504690.3357220.3583894.391
2.515-2.5970.512710.3196970.33681594.233
2.597-2.6880.384680.2966640.30477894.087
2.688-2.7890.383660.2926550.30176893.88
2.789-2.9030.394540.2826380.29171896.379
2.903-3.0320.363660.2836200.29172894.231
3.032-3.1790.318690.2345690.24366196.52
3.179-3.350.258570.2165570.2263097.46
3.35-3.5530.283600.2115380.21961597.236
3.553-3.7970.21580.1935100.19457798.44
3.797-4.0990.196470.1734840.17553499.438
4.099-4.4870.226550.1694380.17649499.798
4.487-5.0120.194490.1513970.15544899.554
5.012-5.7790.298450.1973550.209400100
5.779-7.0550.245300.2153150.21734699.711
7.055-9.8850.214310.1922330.19526599.623
9.885-51.4340.338100.2931370.29616589.091
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.241 Å / Origin y: 21.643 Å / Origin z: -0.114 Å
111213212223313233
T-0.1052 Å2-0.0115 Å20.0372 Å2--0.0894 Å2-0.0282 Å2---0.1634 Å2
L2.4555 °2-0.2664 °2-0.0311 °2-3.9388 °2-0.3007 °2--1.0054 °2
S-0.0033 Å °-0.0477 Å °0.0591 Å °0.1834 Å °0.0242 Å °0.2513 Å °-0.1135 Å °-0.0179 Å °-0.0208 Å °
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 108 / Label seq-ID: 1 - 108

IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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