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Yorodumi- PDB-2h71: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D47E in Hexagonal (p61) S... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2h71 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D47E in Hexagonal (p61) Space Group | ||||||
Components | Thioredoxin | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Godoy-Ruiz, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D47E in Hexagonal (p61) Space Group Authors: Godoy-Ruiz, R. / Gavira, J.A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2004Title: Relation between protein stability, evolution and structure, as probed by carboxylic acid mutations. Authors: Godoy-Ruiz, R. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, R. / Sanchez-Ruiz, R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2h71.cif.gz | 60.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2h71.ent.gz | 46.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2h71.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2h71_validation.pdf.gz | 446.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2h71_full_validation.pdf.gz | 449.8 KB | Display | |
| Data in XML | 2h71_validation.xml.gz | 11.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 2h71_validation.cif.gz | 15.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h71 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 11701.413 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D47E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 53.33 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 3.5 Details: 60% (v/v) MPD, Ac2Cu 1 mM, Hepes 15 mM pH 7.0, Counterdiffusion, temperature 277K, pH 3.50 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM16 / Wavelength: 1.07238 |
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Feb 2, 2005 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.07238 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→40 Å / Num. obs: 13367 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 49.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 28.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / % possible all: 97.1 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2TRX_A Resolution: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 17.861 / SU ML: 0.23 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.261 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 35.99 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→40 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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