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- PDB-5dbq: Crystal structure of insect thioredoxin at 1.95 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dbq
タイトルCrystal structure of insect thioredoxin at 1.95 Angstroms
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin / Disulfide bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anticarsia gemmatalis (蝶・蛾)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Klinke, S. / Tejedor, M.D. / Cerutti, M.L. / Giacometti, R. / Otero, L.H. / Goldbaum, F.A. / Zavala, J.A. / Wolosiuk, R.A. / Pagano, E.A.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
ANPCyTPICT 2011-2115 アルゼンチン
ANPCyTPPL2-03 アルゼンチン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of insect thioredoxin at 1.95 Angstroms
著者: Klinke, S. / Tejedor, M.D. / Cerutti, M.L. / Giacometti, R. / Otero, L.H. / Goldbaum, F.A. / Zavala, J.A. / Wolosiuk, R.A. / Pagano, E.A.
履歴
登録2015年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2762
ポリマ－24,2762
非ポリマー00
水3,387188
1
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1381
ポリマ－12,1381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1381
ポリマ－12,1381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.710, 28.980, 79.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 12138.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anticarsia gemmatalis (蝶・蛾) / プラスミド: pET 28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: A0A0Y0BMD0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細Cloning artifact GSH at the N-terminus after Thrombin cleavage.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % / 解説: Small Prisms
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 27% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
詳細: Diffractometer: Bruker D8 QUEST, Source: IMUS Copper Microfocus, Detector: PHOTON 100
放射モノクロメーター: Helios MX multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 14272 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
PROTEUM PLUSPROTEUM2 (Bruker)データ収集
XDSデータスケーリング
MrBUMP位相決定
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1XWB

1xwb


解像度: 1.95→31.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9258 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9094 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.175
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 714 5 %RANDOM
Rwork0.2098 ---
obs0.2119 14272 98.37 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5697 Å20 Å2-2.0724 Å2
2---1.9105 Å20 Å2
3----2.6592 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→31.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 0 188 1836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011670HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.122246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d618SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes228HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1670HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion228SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2046SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.11 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 142 5.01 %
Rwork0.2557 2692 -
all0.2563 2834 -
obs--98.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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