PDB-2h76: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D10E in Hexagonal (p61) S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h76

タイトル

Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D10E in Hexagonal (p61) Space Group

要素

Thioredoxin

キーワード

LYASE / Alpha Beta / Electron transport

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Godoy-Ruiz, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D10E in Hexagonal (p61) Space Group
著者: Godoy-Ruiz, R. / Gavira, J.A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

履歴

登録	2006年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年5月2日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow ...database_2 / exptl_crystal_grow / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h76.cif.gz	59.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h76.ent.gz	44.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h76	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2trxS 1zzy 2fch 2fd3 2h6x 2h6y 2h70 2h71 2h72 2h73 2h74 2h75 2h7z S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h6x-1 2tir-d 5hr1-4 2h6z-1 2xbq-3 2h73-1 2fch-5 5hr3-1 2h71-1 2eir-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thioredoxin

登録者が定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.170, 103.170, 41.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 11701.413 Da / 分子数: 2 / 変異: D10E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA / プラスミド: pTK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: Q2M889, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 3.5 詳細: 60% (v/v) MPD, HEPES 15 mM pH 4.1, Ac2Cu 1mM, AcNa 15m, pH 3.5, Counter-diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日 / 詳細: Montel Optics
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→51.58 Å / Num. all: 12308 / Num. obs: 12308 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 28.93 % / B_iso Wilson estimate: 37.35 Å² / R_sym value: 0.0241 / Net I/σ(I): 27.13
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 22.28 % / Mean I/σ(I) obs: 6.46 / Num. unique all: 779 / R_sym value: 0.1501 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SAINT		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
PROTEUM PLUS	2	データ削減
SADABS		データスケーリング
XPREP		データ削減
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2TRX

2trx

解像度: 2.25→51.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / WR_factor R_free: 0.256 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 13.361 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	1186	9.797 %	Random
R_work	0.1954	-	-	-
all	0.202	12308	-	-
obs	0.202	12106	98.447 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.082 Å²	-1.041 Å²	0 Å²
2-	-	-2.082 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.123 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→51.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1640	0	16	99	1755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	1.994	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.783	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.268	26.25	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.798	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.691	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.397	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.232	2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.832	3	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.134	2	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.648	3	617

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.308	0.314	66	0.235	799	0.242	892	96.973
2.308-2.372	0.257	78	0.223	813	0.227	897	99.331
2.372-2.44	0.336	67	0.23	742	0.24	836	96.77
2.44-2.515	0.359	105	0.226	708	0.242	828	98.188
2.515-2.597	0.309	86	0.224	710	0.233	811	98.15
2.597-2.688	0.298	77	0.212	675	0.22	765	98.301
2.688-2.789	0.308	78	0.204	684	0.214	775	98.323
2.789-2.903	0.4	56	0.214	630	0.227	702	97.721
2.903-3.032	0.296	73	0.223	614	0.231	698	98.424
3.032-3.179	0.267	68	0.19	599	0.198	675	98.815
3.179-3.35	0.276	58	0.187	554	0.196	618	99.029
3.35-3.553	0.265	59	0.189	541	0.196	606	99.01
3.553-3.797	0.206	62	0.167	505	0.171	571	99.299
3.797-4.099	0.197	56	0.16	468	0.164	527	99.431
4.099-4.487	0.224	51	0.164	443	0.17	494	100
4.487-5.012	0.217	38	0.164	398	0.169	436	100
5.012-5.779	0.266	41	0.197	361	0.204	402	100
5.779-7.055	0.257	29	0.222	311	0.225	340	100
7.055-9.886	0.25	25	0.186	234	0.192	260	99.615
9.886-51.58	0.471	13	0.258	131	0.271	164	87.805

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2033	-1.9468	0.6431	4.8097	-3.1504	21.1891	0.2211	0.3566	-0.2838	-0.3991	-0.1273	-0.3317	1.088	0.2973	-0.0937	0.0486	0.0147	0.0468	0.0951	-0.0442	0.135	-20.064	3.486	0.05
2	10.8694	-8.43	7.2003	10.8265	2.248	19.0743	-0.0798	-0.7416	0.7543	1.0499	0.4475	0.0772	0.1709	0.3962	-0.3678	0.0715	-0.0219	0.005	0.0748	-0.0014	0.1263	-16.881	10.378	8.333
3	3.6921	3.424	-0.6119	4.9171	-0.0683	2.2117	0.0227	0.0218	-0.137	0.1811	0.0179	-0.1206	0.016	0.1019	-0.0406	0.0639	0.0175	-0.0017	0.0558	0.0003	0.1203	-24.805	9.175	2.852
4	6.1484	3.0422	-5.6752	6.2776	-1.8895	10.3949	0.0993	0.5446	-0.3673	-0.2575	0.2305	0.3495	0.1108	-0.2393	-0.3299	-0.0011	-0.0038	-0.0245	0.0566	-0.0468	0.1693	-32.881	2.399	-4.8
5	9.0664	-0.9537	5.566	20.6331	-5.4632	5.5536	-0.0014	1.1082	-0.659	-1.1126	0.0396	-0.3321	0.0291	0.1241	-0.0382	0.0105	-0.0066	0.0369	0.141	-0.0703	-0.0154	-23.068	10.65	-12.303
6	1.5871	-0.4834	-0.1678	3.9121	-1.3432	0.5341	0.024	-0.1912	-0.1227	0.4881	0.1335	0.0018	-0.0103	0.1307	-0.1574	0.0941	0.0016	0.0069	0.0574	0.0041	0.0835	-26.044	6.371	8.275
7	3.7985	-0.9631	0.1161	0.2466	-0.0337	0.0114	-0.0687	-0.2436	-0.1664	0.0437	0.0317	0.2403	0.1849	0.0931	0.0371	0.0723	-0.0217	0.0679	0.0233	-0.0108	0.1053	-34.834	11.748	7.83
8	2.8874	3.3569	-2.8761	3.9566	-2.8261	7.8322	0.0316	-0.3133	0.6805	-0.2829	-0.236	-0.0932	-0.1949	0.103	0.2045	0.0337	0.0206	0.0074	0.0205	-0.0005	0.1629	-24.001	19.215	0.943
9	2.6723	2.3245	2.7068	4.6443	0.0687	4.7342	0.1457	0.3148	0.0694	-0.157	0.2507	0.2225	0.2503	0.0363	-0.3964	-0.0053	0.0166	-0.0101	0.0641	-0.0611	0.1666	-35.779	12.307	-5.298
10	1.192	4.1427	2.7719	20.4721	3.5029	12.6344	0.117	0.3393	0.1199	-0.7642	-0.1571	-0.3545	-0.7082	-0.0672	0.0402	-0.0051	0.0334	0.0014	0.037	-0.0143	0.1291	-30.871	18.765	-8.998
11	8.1815	-1.0694	0.3932	6.7129	-1.0039	16.7058	0.0647	-0.2241	-0.4268	0.3296	-0.195	0.7862	-0.0873	-0.1264	0.1302	0.0318	0.046	0.0553	-0.059	-0.1001	0.2644	-42.223	37.101	7.251
12	3.0136	-5.1843	0.3457	10.8689	-0.614	0.0399	0.1973	0.1287	0.4857	-0.3238	-0.141	0.0582	0.0499	0.0012	-0.0563	0.0666	0.0427	0.081	-0.0034	-0.0592	0.1905	-36.816	42.783	3.193
13	1.2021	-0.4543	-0.3618	5.0263	0.2231	0.5127	-0.0464	-0.1777	0.1202	0.4956	0.0405	0.3236	-0.0017	0.0551	0.006	0.0943	-0.0226	0.0925	0.0168	-0.026	0.1008	-34.799	24.671	9.497
14	11.6619	-4.2439	0.6159	20.3069	2.7374	0.5	-0.4924	-0.9854	0.2589	2.6658	0.7201	0.2516	0.5819	0.4376	-0.2276	0.3711	0.0408	0.0039	0.0557	-0.0722	-0.0872	-26.637	36.657	15.792
15	19.0427	12.5855	6.9562	15.1576	6.5883	7.7717	0.0553	-0.2237	0.8128	0.3643	-0.0474	0.6895	-0.4728	0.1261	-0.0079	0.0972	0.0568	0.0883	-0.0382	-0.0367	0.0697	-34.956	35.74	8.394
16	17.3921	2.3395	-7.8594	4.7471	-6.0751	9.2323	0.3082	0.459	-0.0664	-0.4617	-0.2247	0.756	-0.176	-0.0996	-0.0836	0.1615	0.0315	-0.037	-0.1056	-0.0778	0.0824	-41.302	30.01	-2.671
17	3.2588	2.8617	-1.267	7.7891	-1.3805	0.5062	0.3009	0.2633	0.2796	-0.476	-0.3953	0.4745	0.0437	-0.0994	0.0945	0.1003	0.0333	0.0183	0.0379	0.0007	0.115	-32.334	30.163	-0.184
18	9.566	-6.3799	2.4037	14.9632	-5.4924	6.5772	0.3552	0.4821	0.4581	-0.2881	-0.1772	-0.0059	-0.3686	-0.4047	-0.1779	0.0398	0.0515	0.0846	0.0663	-0.0089	0.0686	-28.456	36.267	-0.766
19	3.9454	1.7742	0.089	11.7801	-9.0757	11.1896	0.0884	-0.4111	-0.2245	0.6872	0.0898	-0.2916	-0.3139	0.5157	-0.1781	0.083	0.0138	-0.0066	0.1107	-0.092	0.0127	-20.883	31.489	8.925
20	23.3211	0	0	33.6583	0	21.7294	-0.1163	0.1158	1.2494	1.1459	0.6593	-2.3467	-1.2043	-0.1381	-0.5429	0.1163	-0.0664	-0.0257	-0.0071	-0.0923	0.0424	-20.985	40.43	5.488

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 9	1 - 9
2	2	A	A	10 - 14	10 - 14
3	3	A	A	15 - 31	15 - 31
4	4	A	A	32 - 46	32 - 46
5	5	A	A	47 - 53	47 - 53
6	6	A	A	54 - 69	54 - 69
7	7	A	A	70 - 78	70 - 78
8	8	A	A	79 - 86	79 - 86
9	9	A	A	87 - 100	87 - 100
10	10	A	A	101 - 108	101 - 108
11	11	B	B	2 - 13	2 - 13
12	12	B	B	14 - 25	14 - 25
13	13	B	B	26 - 43	26 - 43
14	14	B	B	44 - 49	44 - 49
15	15	B	B	50 - 60	50 - 60
16	16	B	B	61 - 72	61 - 72
17	17	B	B	73 - 81	73 - 81
18	18	B	B	82 - 94	82 - 94
19	19	B	B	95 - 102	95 - 102
20	20	B	B	103 - 108	103 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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