PDB-2h75: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D13E in Hexagonal (p61) S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h75

タイトル

Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D13E in Hexagonal (p61) Space Group

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Godoy-Ruiz, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant D13E in Hexagonal (p61) Space Group
著者: Godoy-Ruiz, R. / Gavira, J.A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

履歴

登録	2006年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年5月2日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow ...database_2 / exptl_crystal_grow / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.7	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h75.cif.gz	57 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h75.ent.gz	41.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2trxS 1zzy 2fch 2fd3 2h6x 2h6y 2h70 2h71 2h72 2h73 2h74 2h76 2h7z S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hr1-1 2h73-2 2fch-4 4hu9-d 2fch-6 2tir-d 5hr1-3 2fd3-2 5hr1-2 2eio-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.081, 103.081, 42.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 11701.413 Da / 分子数: 2 / 変異: D13E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: Q2M889, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 3.5 詳細: 60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM pH 7.0, Ac2Cu 1mM, pH 3.5, Counter-diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月18日 / 詳細: Montel Optics
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→51.54 Å / Num. all: 13343 / Num. obs: 13343 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.92 % / B_iso Wilson estimate: 38.183 Å² / R_sym value: 0.0258 / Net I/σ(I): 23.38
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Num. unique all: 856 / R_sym value: 0.1934 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SAINT		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
PROTEUM PLUS	2	データ削減
SADABS		データスケーリング
XPREP		データ削減
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2TRX

2trx

解像度: 2.2→51.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.282 / WR_factor R_work: 0.221 / SU B: 17.41 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2935	1273	9.91 %	Random
R_work	0.2269	-	-	-
all	0.233	13343	-	-
obs	0.233	12846	96.297 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.208 Å²	-2.104 Å²	0 Å²
2-	-	-4.208 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1630	0	16	99	1745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.229	1.993	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.775	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.791	26.232	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.705	15	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.872	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.179	2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.869	3	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.004	2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.532	3	596

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.36	94	0.316	863	0.32	970	98.66
2.257-2.319	0.41	95	0.319	831	0.327	950	97.474
2.319-2.386	0.351	90	0.324	797	0.327	932	95.172
2.386-2.459	0.309	83	0.284	770	0.286	893	95.521
2.459-2.54	0.33	77	0.313	751	0.315	870	95.172
2.54-2.629	0.368	79	0.295	724	0.303	845	95.03
2.629-2.728	0.374	77	0.28	704	0.289	821	95.128
2.728-2.839	0.322	90	0.288	662	0.292	790	95.19
2.839-2.965	0.397	72	0.281	630	0.294	747	93.976
2.965-3.109	0.314	63	0.237	625	0.244	723	95.159
3.109-3.276	0.23	57	0.231	607	0.231	701	94.722
3.276-3.474	0.346	68	0.211	543	0.225	634	96.372
3.474-3.713	0.263	68	0.197	536	0.205	626	96.486
3.713-4.009	0.302	51	0.178	506	0.187	569	97.891
4.009-4.389	0.246	65	0.165	457	0.174	525	99.429
4.389-4.902	0.169	44	0.174	430	0.173	478	99.163
4.902-5.652	0.348	33	0.178	396	0.19	431	99.536
5.652-6.901	0.293	34	0.212	337	0.219	371	100
6.901-9.674	0.204	17	0.177	269	0.178	287	99.652
9.674-51.54	0.201	16	0.296	135	0.285	177	85.311

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.602 Å / Origin y: 37.076 Å / Origin z: 18.452 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0295 Å²	0.0178 Å²	-0.0017 Å²	-	-0.0103 Å²	0.061 Å²	-	-	-0.0341 Å²
L	2.0178 °²	-0.9185 °²	-0.0541 °²	-	1.7637 °²	-0.2046 °²	-	-	0.0405 °²
S	0.0787 Å °	0.1418 Å °	0.1998 Å °	-0.0411 Å °	-0.0503 Å °	-0.1636 Å °	-0.0053 Å °	-0.0696 Å °	-0.0284 Å °

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL

ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	A	A	2 - 108	2 - 108
2	B	B	1 - 108	1 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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