PDB-2h6y: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant E48D in Hexagonal (p61) S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h6y

タイトル

Crystal Structure of Thioredoxin Mutant E48D in Hexagonal (p61) Space Group

要素

Thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Alpha Beta

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Godoy-Ruiz, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant E48D in Hexagonal (p61) Space Group
著者: Godoy-Ruiz, R. / Gavira, J.A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

履歴

登録	2006年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年5月9日	Group: Other
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow ...database_2 / exptl_crystal_grow / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.7	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h6y.cif.gz	56.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h6y.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h6y_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h6y_full_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示
XML形式データ	2h6y_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	2h6y_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zzy 2fch 2fd3 2h6x 2h6z 2h70 2h71 2h72 2h73 2h74 2h75 2h76 2trx
類似構造データ	1zzy-2 2eio-1 1xw9-1 1xwb-3 2h72-2 2h70-1 1xwa-2 2yzu-d 2h6x-1 2fch-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

B: Thioredoxin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.608, 101.608, 38.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Thioredoxin 分子量: 11673.361 Da / 分子数: 2 / 変異: E48D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: Q2M889, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 3.5 詳細: 60% (v/v) MPD, AcNa 15 mM pH 3.5, 1 mM Ac2Cu, Counter-diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月20日 / 詳細: Montel Optics
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50.8 Å / Num. all: 9093 / Num. obs: 9093 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.25 % / B_iso Wilson estimate: 35.742 Å² / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 18.96
反射シェル	解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique all: 492 / R_sym value: 0.3529 / % possible all: 93.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SAINT		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
PROTEUM PLUS	2	データ削減
SADABS		データスケーリング
XPREP		データ削減
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2TRX_A

解像度: 2.4→50.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.174 / SU B: 15.511 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2295	408	4.763 %	RANDOM
R_work	0.1864	-	-	-
all	0.188	9093	-	-
obs	0.188	8566	93.915 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.442 Å²	-0.721 Å²	0 Å²
2-	-	-1.442 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1622	0	16	88	1726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.991	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.665	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.261	26.957	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.116	15	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.32	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.226	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.369	1.5	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.665	2	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.897	3	686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.478	4.5	595

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.297	24	0.232	497	0.236	662	78.701
2.462-2.53	0.29	22	0.205	521	0.208	642	84.579
2.53-2.603	0.326	27	0.226	529	0.231	637	87.284
2.603-2.683	0.21	23	0.199	525	0.199	595	92.101
2.683-2.77	0.338	26	0.21	532	0.217	606	92.079
2.77-2.867	0.334	25	0.22	529	0.226	578	95.848
2.867-2.975	0.234	25	0.208	510	0.21	561	95.365
2.975-3.096	0.27	29	0.196	490	0.201	534	97.191
3.096-3.233	0.204	23	0.176	483	0.178	516	98.062
3.233-3.39	0.236	29	0.179	458	0.182	496	98.185
3.39-3.573	0.238	26	0.171	429	0.175	466	97.639
3.573-3.789	0.174	16	0.169	424	0.169	447	98.434
3.789-4.049	0.153	19	0.157	400	0.156	423	99.054
4.049-4.371	0.215	22	0.146	367	0.149	394	98.731
4.371-4.784	0.179	14	0.152	343	0.153	360	99.167
4.784-5.343	0.245	12	0.172	321	0.175	336	99.107
5.343-6.158	0.176	17	0.196	272	0.195	289	100
6.158-7.515	0.215	10	0.229	249	0.229	259	100
7.515-10.513	0.172	12	0.167	183	0.167	195	100
10.513-50.8	0.19	7	0.299	96	0.29	125	82.4

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.134 Å / Origin y: 37.109 Å / Origin z: 18.29 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0641 Å²	-0.0107 Å²	-0.0035 Å²	-	-0.103 Å²	0.0055 Å²	-	-	-0.0982 Å²
L	2.8275 °²	-1.1784 °²	0.2307 °²	-	1.9341 °²	-0.1105 °²	-	-	0.4746 °²
S	-0.0249 Å °	-0.0145 Å °	0.1356 Å °	0.0069 Å °	0.0253 Å °	0.0126 Å °	-0.1042 Å °	-0.067 Å °	-0.0003 Å °

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL / Auth seq-ID: 2 - 108 / Label seq-ID: 2 - 108

ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

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