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- PDB-2drn: Docking and dimerization domain (D/D) of the Type II-alpha regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2drn
タイトルDocking and dimerization domain (D/D) of the Type II-alpha regulatory subunity of protein kinase A (PKA) in complex with a peptide from an A-kinase anchoring protein
要素
  • 24-residues peptide from an a-kinase anchoring protein
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE / AKAP / PKA / signal transduction / 4-helix bundle / helix-loop-helix / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sarcomere organization / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / DARPP-32 events / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / Hedgehog 'off' state / PKA activation / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction ...regulation of sarcomere organization / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / DARPP-32 events / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / Hedgehog 'off' state / PKA activation / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / nucleotide-activated protein kinase complex / MAP-kinase scaffold activity / cardiac muscle cell differentiation / regulation of Rho protein signal transduction / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / regulation of small GTPase mediated signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / beta-2 adrenergic receptor binding / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A binding / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of Rho protein signal transduction / RHOB GTPase cycle / small molecule binding / adrenergic receptor signaling pathway / RHOC GTPase cycle / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / RHOA GTPase cycle / cAMP binding / T-tubule / guanyl-nucleotide exchange factor activity / bone development / regulation of protein phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / G alpha (12/13) signalling events / heart development / cell cortex / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / molecular adaptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / synapse / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RII binding domain / RII binding domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / : / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : ...RII binding domain / RII binding domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / : / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / C1-like domain superfamily / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / RmlC-like jelly roll fold / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / A-kinase anchor protein 13 / A-kinase anchor protein 13
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Newlon, M.G. / Roy, M. / Morikis, D. / Hausken, Z.E. / Coghlan, V. / Scott, J.D. / Jennings, P.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: A novel mechanism of PKA anchoring revealed by solution structures of anchoring complexes.
著者: Newlon, M.G. / Roy, M. / Morikis, D. / Carr, D.W. / Westphal, R. / Scott, J.D. / Jennings, P.A.
履歴
登録2006年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: 24-residues peptide from an a-kinase anchoring protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3303
ポリマ－13,3303
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 5398.181 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: RIIA(1-44) / プラスミド: PET-16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12368, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド 24-residues peptide from an a-kinase anchoring protein / Fragment / Human thyroid anchoring protein / Ht31(493-515) peptide


分子量: 2533.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide has been generated by solid phase peptide synthesis.; This sequence occurs naturally in humans.
参照: UniProt: Q14572, UniProt: Q12802*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2d and 3d heteronuclear and homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 2mM RII-alpha(1-44); 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851brunger構造決定
X-PLOR3.851brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1370 restraints, 1247 are noe-derived distance restraints, 50 dihedral angle restraints,73 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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