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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zj8 | ||||||
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Title | Structure of the PAS domain from Bordetella pertussis BvgS | ||||||
![]() | Virulence sensor protein BvgS | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / PAS domain sensor histidine-kinase | ||||||
Function / homology | ![]() histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clantin, B. / Dupre, E. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insight into the role of the PAS domainfor signal transduction in sensor-kinase BvgS. Authors: Dupre, E. / Clantin, B. / Yuan, Y. / Lecher, S. / Lesne, E. / Antoine, R. / Villeret, V. / Jacob-Dubuisson, F. #1: ![]() Title: Structural insights into the signalling mechanisms of two-component systems. Authors: Jacob-Dubuisson, F. / Mechaly, A. / Betton, J.M. / Antoine, R. #2: ![]() Title: Coiled-Coil Antagonism Regulates Activity of Venus Flytrap-Domain-Containing Sensor Kinases of the BvgS Family. Authors: Lesne, E. / Dupre, E. / Lensink, M.F. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F. #3: ![]() Title: Distinct virulence ranges for infection of mice by Bordetella pertussis revealed by engineering of the sensor-kinase BvgS. Authors: Lesne, E. / Coutte, L. / Solans, L. / Slupek, S. / Debrie, A.S. / Dhennin, V. / Froguel, P. / Hot, D. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F. #4: ![]() Title: Virulence regulation with Venus flytrap domains: structure and function of the periplasmic moiety of the sensor-kinase BvgS. Authors: Dupre, E. / Herrou, J. / Lensink, M.F. / Wintjens, R. / Vagin, A. / Lebedev, A. / Crosson, S. / Villeret, V. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 732.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 516.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 510 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 527.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18329.742 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: A151L; A155L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: bvgS, BP1877 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.05 % Description: crystal belongs to space group P21212 with eight PAS domains in the asymmetric unit |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: sodium acetate 0.1 M (pH 5), 2% PEG 6000, 15% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→70 Å / Num. obs: 70503 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 64.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.12 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 6931 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 79.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→29.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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