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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6zj8 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the PAS domain from Bordetella pertussis BvgS | ||||||
Components | Virulence sensor protein BvgS | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / PAS domain sensor histidine-kinase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhistidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bordetella pertussis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Clantin, B. / Dupre, E. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2021Title: Structural insight into the role of the PAS domainfor signal transduction in sensor-kinase BvgS. Authors: Dupre, E. / Clantin, B. / Yuan, Y. / Lecher, S. / Lesne, E. / Antoine, R. / Villeret, V. / Jacob-Dubuisson, F. #1: Journal: Nat. Rev. Microbiol. / Year: 2018Title: Structural insights into the signalling mechanisms of two-component systems. Authors: Jacob-Dubuisson, F. / Mechaly, A. / Betton, J.M. / Antoine, R. #2: Journal: mBio / Year: 2018Title: Coiled-Coil Antagonism Regulates Activity of Venus Flytrap-Domain-Containing Sensor Kinases of the BvgS Family. Authors: Lesne, E. / Dupre, E. / Lensink, M.F. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F. #3: Journal: PLoS ONE / Year: 2018Title: Distinct virulence ranges for infection of mice by Bordetella pertussis revealed by engineering of the sensor-kinase BvgS. Authors: Lesne, E. / Coutte, L. / Solans, L. / Slupek, S. / Debrie, A.S. / Dhennin, V. / Froguel, P. / Hot, D. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F. #4: Journal: PLoS Pathog. / Year: 2015Title: Virulence regulation with Venus flytrap domains: structure and function of the periplasmic moiety of the sensor-kinase BvgS. Authors: Dupre, E. / Herrou, J. / Lensink, M.F. / Wintjens, R. / Vagin, A. / Lebedev, A. / Crosson, S. / Villeret, V. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6zj8.cif.gz | 732.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6zj8.ent.gz | 516.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6zj8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6zj8_validation.pdf.gz | 510 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6zj8_full_validation.pdf.gz | 527.4 KB | Display | |
| Data in XML | 6zj8_validation.xml.gz | 35.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6zj8_validation.cif.gz | 48 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 18329.742 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: A151L; A155L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251) (bacteria)Gene: bvgS, BP1877 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.05 % Description: crystal belongs to space group P21212 with eight PAS domains in the asymmetric unit |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: sodium acetate 0.1 M (pH 5), 2% PEG 6000, 15% glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.98999 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98999 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→70 Å / Num. obs: 70503 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 64.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.12 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 6931 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.4→29.65 Å / SU ML: 0.3378 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / Phase error: 26.938 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 79.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→29.65 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Bordetella pertussis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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