PDB-6zj8: Structure of the PAS domain from Bordetella pertussis BvgS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zj8

タイトル

Structure of the PAS domain from Bordetella pertussis BvgS

要素

Virulence sensor protein BvgS

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PAS domain sensor histidine-kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Clantin, B. / Dupre, E. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the role of the PAS domainfor signal transduction in sensor-kinase BvgS.
著者: Dupre, E. / Clantin, B. / Yuan, Y. / Lecher, S. / Lesne, E. / Antoine, R. / Villeret, V. / Jacob-Dubuisson, F.

履歴

登録	2020年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zj8.cif.gz	732.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zj8.ent.gz	516.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zj8	HTTPS FTP

-
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#190 - 2015年10月
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フォトトロピン (Phototropin)
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類似性 (2)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Virulence sensor protein BvgS

B: Virulence sensor protein BvgS

C: Virulence sensor protein BvgS

D: Virulence sensor protein BvgS

E: Virulence sensor protein BvgS

F: Virulence sensor protein BvgS

G: Virulence sensor protein BvgS

H: Virulence sensor protein BvgS

147 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Virulence sensor protein BvgS

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Virulence sensor protein BvgS

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3

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5

E: Virulence sensor protein BvgS

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6

F: Virulence sensor protein BvgS

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7

G: Virulence sensor protein BvgS

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8

H: Virulence sensor protein BvgS

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.960, 122.288, 105.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Virulence sensor protein BvgS 分子量: 18329.742 Da / 分子数: 8 / 変異: A151L; A155L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251) (百日咳菌) 遺伝子: bvgS, BP1877 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P16575, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.05 % 解説: crystal belongs to space group P21212 with eight PAS domains in the asymmetric unit
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium acetate 0.1 M (pH 5), 2% PEG 6000, 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→70 Å / Num. obs: 70503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 64.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.12
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 6931 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
SHARP		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.65 Å / SU ML: 0.3378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 26.938
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2519	3117	5.02 %
R_work	0.2268	59019	-
obs	0.2281	62136	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8312	0	0	48	8360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	8464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4722	11434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0396	1267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	1487
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6442	3197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.44	0.3691	135	0.3265	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.44-2.48	0.3511	123	0.3299	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.48-2.52	0.3372	146	0.3164	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.52-2.57	0.3245	133	0.3037	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.57-2.62	0.3351	140	0.2949	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.62-2.67	0.3482	142	0.2808	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.67-2.73	0.2761	134	0.2773	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.79	0.298	122	0.2942	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.86	0.3017	147	0.2887	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.86-2.94	0.2781	133	0.2756	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.94-3.02	0.3058	130	0.2729	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.12	0.306	131	0.2684	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.12-3.23	0.2978	150	0.2446	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.36	0.264	137	0.2437	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.51	0.2781	140	0.2359	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.7	0.2496	139	0.2327	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.93	0.2503	143	0.2068	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.23	0.2166	179	0.1968	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.66	0.2099	138	0.1881	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.66-5.33	0.2139	148	0.1865	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.33-6.7	0.2525	155	0.2258	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7-29.65	0.2275	172	0.2052	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.45716146488	0.606807829818	0.625507914414	5.18644713711	0.21160179692	3.82201733428	-0.0743921339013	0.236683495873	0.17094614693	-0.983143626849	0.0971375535411	-0.203523302061	-0.64222653398	0.202243857389	-0.0844248202984	0.656114821938	-0.0239927061497	0.0829982992161	0.343991837059	0.0448247053201	0.378461660267	-26.5611981822	30.1542506331	-57.0851064471
2	7.67796552893	0.531280877382	-2.91860057498	2.56822508468	0.381012054359	1.36821379812	0.41122205042	0.712409346525	1.2815650817	-0.320594464273	-0.52133359836	-1.35502460914	0.251132134804	1.31213691201	-0.04178151744	0.780485227102	-0.203536166148	0.181598788202	1.23794779037	0.0742712328482	1.00735923619	-10.1930043748	33.1913384772	-51.0021186751
3	2.58376537923	0.832970704584	0.18000669347	4.02708834414	-0.544601986728	5.72818269158	-0.151660339122	0.0315059043725	-0.264485583657	-0.0659572334918	-4.12445235944E-5	-0.2062726741	-0.0638485605462	0.463390644132	0.155240273439	0.454885387596	-0.0401368974483	0.0217617413039	0.445928409416	-0.0164543387173	0.552473163098	-23.8647835539	24.0885348947	-42.5853043122
4	4.94208565914	1.78068609746	-0.481552079541	6.18275125131	0.534606865384	6.11093682555	-0.116161144562	0.493701607633	-0.00293364315365	-0.927964229024	-0.0306936678818	0.552445007458	-0.113284485806	-0.460014723382	0.135845708992	0.692444088363	-0.0012527931444	-0.0529503599093	0.544238553188	-0.0855572354983	0.591610660821	-39.1195875279	10.2347573259	-59.2267914951
5	2.31592208065	-1.01190248139	0.573463354084	6.90633251031	0.423451781339	2.64156337315	-0.0778141406811	0.0971479683077	-0.411775741725	-0.115842552297	-0.324513801536	0.584449937147	0.991147081412	-0.160088414786	0.298466079462	0.878547042347	0.00211003411737	0.090363732818	0.367506091156	-0.0781319799637	0.542793129153	-35.0081183025	-5.43539165686	-52.6921922878
6	8.57137372451	0.570279492969	-4.04984793371	9.04976873167	6.59621157428	7.70067210919	-0.0144887939352	-1.34891034857	-1.61587605742	0.577791086464	-0.20285282523	-0.298126297551	1.15931402926	0.984938740384	0.326010066566	1.07473610894	-0.0687294716682	0.0100041988764	0.444911235986	0.0285901055951	0.708473229614	-30.8624593365	-7.01810419605	-45.4061339864
7	6.96656407609	-1.0100479606	2.32027471955	0.427541698525	-0.963509133242	2.46773316412	1.24336849193	-0.906318200386	-0.277685401299	0.419616803031	-0.48296779773	0.308201554792	0.131563827459	-0.996238573488	-0.322896968075	0.944017327905	-0.240413344568	0.00335923668477	0.740964429243	-0.0507313669742	0.903680992668	-47.3844054975	-2.13733634189	-41.7334350226
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ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 16 through 87 )	A	A	16 - 87	1 - 72
2	2	chain 'A' and (resid 88 through 98 )	A	A	88 - 98	73 - 83
3	3	chain 'A' and (resid 99 through 156 )	A	A	99 - 156	84 - 141
4	4	chain 'B' and (resid 16 through 41 )	B	B	16 - 41	1 - 26
5	5	chain 'B' and (resid 42 through 78 )	B	B	42 - 78	27 - 63
6	6	chain 'B' and (resid 79 through 87 )	B	B	79 - 87	64 - 72
7	7	chain 'B' and (resid 88 through 98 )	B	B	88 - 98	73 - 82
8	8	chain 'B' and (resid 99 through 156 )	B	B	99 - 156	83 - 133
9	9	chain 'C' and (resid 21 through 63 )	C	C	21 - 63	1 - 43
10	10	chain 'C' and (resid 64 through 98 )	C	C	64 - 98	44 - 64
11	11	chain 'C' and (resid 99 through 109 )	C	C	99 - 109	65 - 75
12	12	chain 'C' and (resid 110 through 155 )	C	C	110 - 155	76 - 119
13	13	chain 'D' and (resid 21 through 63 )	D	D	21 - 63	1 - 43
14	14	chain 'D' and (resid 64 through 98 )	D	D	64 - 98	44 - 59
15	15	chain 'D' and (resid 99 through 122 )	D	D	99 - 122	60 - 83
16	16	chain 'D' and (resid 123 through 154 )	D	D	123 - 154	84 - 115
17	17	chain 'E' and (resid 15 through 57 )	E	E	15 - 57	1 - 43
18	18	chain 'E' and (resid 58 through 78 )	E	E	58 - 78	44 - 64
19	19	chain 'E' and (resid 79 through 127 )	E	E	79 - 127	65 - 109
20	20	chain 'E' and (resid 128 through 151 )	E	E	128 - 151	110 - 133
21	21	chain 'F' and (resid 16 through 41 )	F	F	16 - 41	1 - 26
22	22	chain 'F' and (resid 42 through 87 )	F	F	42 - 87	27 - 72
23	23	chain 'F' and (resid 88 through 98 )	F	F	88 - 98	73 - 83
24	24	chain 'F' and (resid 99 through 153 )	F	F	99 - 153	84 - 138
25	25	chain 'G' and (resid 20 through 98 )	G	G	20 - 98	1 - 79
26	26	chain 'G' and (resid 99 through 155 )	G	G	99 - 155	80 - 136
27	27	chain 'H' and (resid 21 through 67 )	H	H	21 - 67	1 - 47
28	28	chain 'H' and (resid 68 through 121 )	H	H	68 - 121	48 - 81
29	29	chain 'H' and (resid 122 through 154 )	H	H	122 - 154	82 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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