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Yorodumi- PDB-3u66: Crystal structure of T6SS SciP/TssL from Escherichia Coli Enteroa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u66 | ||||||
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Title | Crystal structure of T6SS SciP/TssL from Escherichia Coli Enteroaggregative 042 | ||||||
Components | Putative type VI secretion protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Duble helical bundle / Protein secretion / attached to inner membrane | ||||||
Function / homology | Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU superfamily / Type VI secretion system protein DotU / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / membrane / Type VI secretion protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.63 Å | ||||||
Authors | Durand, E. / Aschtgen, M.S. / Zoued, A. / Spinelli, S. / Watson, P.J.H. / Cambillau, C. / Cascales, E. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Structural characterization and oligomerization of the TssL protein, a component shared by bacterial type VI and type IVb secretion systems. Authors: Durand, E. / Zoued, A. / Spinelli, S. / Watson, P.J. / Aschtgen, M.S. / Journet, L. / Cambillau, C. / Cascales, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u66.cif.gz | 70.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u66.ent.gz | 57.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u66.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3u66_validation.pdf.gz | 439.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3u66_full_validation.pdf.gz | 441.5 KB | Display | |
Data in XML | 3u66_validation.xml.gz | 9.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3u66_validation.cif.gz | 11.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u66 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21068.330 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Cytoplasmic domain, residues 1-183 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: EAEC 042 / Gene: EC042_4527, SciP/TssL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 PLys / References: UniProt: D3GU40 |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 273 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 10.6 Details: mixing 300 nL protein at 23mg/mL with 100 nL 4.3 M NaCl, 0.1 M Bicine pH 10.6. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.63→45 Å / Num. all: 11601 / Num. obs: 11601 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 70.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.2 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.63→2.7 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 853 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.63→43.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8874 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 69.84 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.414 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.63→43.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.63→2.94 Å / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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