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- PDB-3u66: Crystal structure of T6SS SciP/TssL from Escherichia Coli Enteroa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u66
タイトルCrystal structure of T6SS SciP/TssL from Escherichia Coli Enteroaggregative 042
要素Putative type VI secretion proteinType VI secretion system
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Duble helical bundle / Protein secretion / attached to inner membrane
機能・相同性Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU superfamily / Type VI secretion system protein DotU / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha / 生体膜 / Type VI secretion protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Durand, E. / Aschtgen, M.S. / Zoued, A. / Spinelli, S. / Watson, P.J.H. / Cambillau, C. / Cascales, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization and oligomerization of the TssL protein, a component shared by bacterial type VI and type IVb secretion systems.
著者: Durand, E. / Zoued, A. / Spinelli, S. / Watson, P.J. / Aschtgen, M.S. / Journet, L. / Cambillau, C. / Cascales, E.
履歴
登録2011年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1602
ポリマ－21,0681
非ポリマー921
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子

A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3214
ポリマ－42,1372
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area3010 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
3
A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子

A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子

A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子

A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6428
ポリマ－84,2734
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area11400 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area29570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.610, 82.030, 96.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Putative type VI secretion protein / Type VI secretion system / SciP/TssL


分子量: 21068.330 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic domain, residues 1-183 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EAEC 042 / 遺伝子: EC042_4527, SciP/TssL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLys / 参照: UniProt: D3GU40
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.6
詳細: mixing 300 nL protein at 23mg/mL with 100 nL 4.3 M NaCl, 0.1 M Bicine pH 10.6. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9791
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 120.9791
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年8月26日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2011年9月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→45 Å / Num. all: 11601 / Num. obs: 11601 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 70.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 853 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.63→43.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 604 9.62 %RANDOM
Rwork0.2353 ---
all0.2375 6278 --
obs0.2375 6278 --
原子変位パラメータBiso mean: 69.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.7739 Å20 Å20 Å2
2--8.7743 Å20 Å2
3----21.5482 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.414 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1288 0 6 31 1325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091321HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.071795HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22.04439SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes027HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0197HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it01321HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.04
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d0171SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d01534SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.94 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 167 9.58 %
Rwork0.2652 1576 -
all0.2706 1743 -
obs-853 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0428-0.088-0.07990.0878-0.0250.04960.0003-0.0015-0.00020-0.0013-0.0014-0.00130.00240.0010.00120.00350.0003-0.00350.0005-0.000226.60014.728830.172
20.04080.0162-0.18310.0734-0.22010.24160.0009-0.00150.00080.0019-0.0024-0.004-0.00620.00580.00150.0042-0.00450.00280.00430.0050.002728.120613.949623.0117
30.20330.0037-0.31570.14340.15810.14630.00020.0040.0014-0.0012-0.00050.0028-0.0015-0.00410.00030.0007-0.00270.0017-0.0005-0.00140.002422.0914.277332.7485
400.0829-0.01870.00340.03420-0.0003-0.00140.00020.00240-0.00030.00060.00220.0002-0.0014-0.00760.0002-0.0030.0007-0.000926.803421.514235.1746
50-0.0610.046100.012900-0.00080.0006-0.000900.002200.00010-0.00370.00340.0024-0.0018-0.0011-0.0027.316315.817630.0354
600.01690.00310-0.01840-0.0001-0.0012-0.00090.000200.0004-0.00030.00020.0001-0.003-0.00350.0006-0.0021-0.0003-0.003714.94617.168331.4774
70.0009-0.0108-0.00110.01250.00240.00880-0.00010.0003-0.0002-0.00010.00110-0.00060.00010.0005-0.00040.00110.0015-0.00050.00166.518818.827242.7398
800.0417-0.041500.00590-0.0001-0.0009-0.00040.00050.00050.00140-0.0012-0.0004-0.0043-0.0070.0018-0.00330.0005-0.00015.52165.7434.5899
90.05230.0108-0.02840.03770.00810.007-0.0001-0.00050.00030.00140.0003-0.00030.00030-0.00020.0014-0.0016-0.00130.00270.000309.5908-1.605249.5172
100.0076-0.0043-0.00350.0084-0.00220.00570.0001-0.00020.00020.000200-0.0005000.00290.0001-0.00010.0017-0.00070.002412.23836.600467.5071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|6 - A|32}A6 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2{A|33 - A|57}A33 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3{A|58 - A|79}A58 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4{A|85 - A|104}A85 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5{A|105 - A|121}A105 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6{A|122 - A|137}A122 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7{A|138 - A|145}A138 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8{A|146 - A|163}A146 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9{A|164 - A|172}A164 - 172
10X-RAY DIFFRACTION10{A|173 - A|178}A173 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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