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万見
- PDB-2cm6: crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cm6
タイトルcrystal structure of the C2B domain of rabphilin3A
要素RABPHILIN-3A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ZINC-FINGER / RABPHILIN3A / CA2+ BINDING / METAL-BINDING / SYNAPTIC EXOCYTOSIS / C2A-C2B LINKER FRAGMENT / C2B / ZINC / SYNAPSE / C2 DOMAIN / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cholinergic synapse / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / synaptic vesicle priming ...selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cholinergic synapse / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / synaptic vesicle priming / extrinsic component of membrane / exocytosis / phosphate ion binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / secretory granule / intracellular protein transport / neuromuscular junction / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / synaptic vesicle / postsynaptic membrane / dendritic spine / neuron projection / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rabphilin-3A / : / Rabphilin/DOC2/Noc2 / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin ...Rabphilin-3A / : / Rabphilin/DOC2/Noc2 / Rab-binding domain / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Rabphilin-3A
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Schlicker, C. / Montaville, P. / Sheldrick, G.M. / Becker, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The C2A-C2B Linker Defines the High Affinity Ca2+ Binding Mode of Rabphilin-3A.
著者: Montaville, P. / Schlicker, C. / Leonov, A. / Zweckstetter, M. / Sheldrick, G.M. / Becker, S.
履歴
登録2006年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RABPHILIN-3A
B: RABPHILIN-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4717
ポリマ－38,2162
非ポリマー2555
水1,36976
1
A: RABPHILIN-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1883
ポリマ－19,1081
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RABPHILIN-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2834
ポリマ－19,1081
非ポリマー1753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.069, 59.606, 66.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RABPHILIN-3A / EXOPHILIN-1


分子量: 19107.816 Da / 分子数: 2 / 断片: C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX-2T-RABPHILIN3A-519-684 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P47709
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: FRAGMENT CONTAINING RESIDUES 540-677 OF 2CM5 WAS USED AS SEARCH MODEL
結晶化詳細: 0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA

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データ収集

回折平均測定温度: 89.7 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9536
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.76 Å / Num. obs: 25345 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2.39 / 冗長度: 6.44 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.94 Å / 冗長度: 4.43 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CM5

2cm5


解像度: 1.85→43.76 Å / Num. restraintsaints: 9466 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.39
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 1270 5 %RANDOM
all0.1979 25345 --
obs0.1948 -97.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2312 0 9 76 2397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0266
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.275
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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