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- PDB-2chd: Crystal structure of the C2A domain of Rabphilin-3A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2chd
タイトルCrystal structure of the C2A domain of Rabphilin-3A
要素RABPHILIN-3A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / RABPHILIN-3A / C2 DOMAIN / C2A / CALCIUM BINDING / SYNAPTIC EXOCYTOSIS / METAL-BINDING / SYNAPSE / TRANSPORT / ZINC-FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / cholinergic synapse / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / regulation of NMDA receptor activity / dendritic spine organization ...selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / cholinergic synapse / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / regulation of NMDA receptor activity / dendritic spine organization / extrinsic component of membrane / synaptic vesicle priming / phosphate ion binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / secretory granule / neuromuscular junction / intracellular protein transport / phospholipid binding / small GTPase binding / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / calcium ion binding / synapse / protein-containing complex binding / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin ...Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Biadene, M. / Montaville, P. / Sheldrick, G.M. / Becker, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the C2A Domain of Rabphilin-3A.
著者: Biadene, M. / Montaville, P. / Sheldrick, G.M. / Becker, S.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RABPHILIN-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3082
ポリマ－16,2161
非ポリマー921
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.870, 39.160, 88.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RABPHILIN-3A / EXOPHILIN-1


分子量: 16216.319 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A DOMAIN, RESIDUES 371-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX-2T-RABC2A(E371-I510) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P47709
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN PROTEIN TRANSPORT
配列の詳細DUE TO CLONING PROCEDURE TWO ADDITIONAL RESIDUES GLY AND SER ARE LOCATED AT THE N-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
解説: THE RESIDUES BETWEEN 140-265 OF 1RSY.PDB WERE USED. SOME OF THE RESIDUES HAVE BEEN MODIFIED TO ALANINES.
結晶化詳細: 25% PEG4000, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH=4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER ROTATING ANODE / 波長: 1.547
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月17日 / 詳細: OSMIC FOCUSING MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.547 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→44.41 Å / Num. obs: 10435 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.13 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 2.74 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RSY

1rsy


解像度: 1.92→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.917 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 488 4.7 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 9909 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å20 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----2.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 6 66 1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7521.9661456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4365135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6723.77453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52115207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9981510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1041.5677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74621055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8223450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2924.5397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 33 -
Rwork0.232 667 -
obs--91.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0764 Å / Origin y: 9.9976 Å / Origin z: 31.4919 Å
111213212223313233
T-0.0434 Å20.0271 Å20.0007 Å2--0.0546 Å20.0026 Å2---0.041 Å2
L1.3306 °2-0.1249 °2-1.3714 °2-1.6057 °20.6971 °2--2.9561 °2
S0.1221 Å °0.0428 Å °-0.0308 Å °-0.2913 Å °-0.0689 Å °-0.0113 Å °-0.2457 Å °-0.3194 Å °-0.0532 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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