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Yorodumi- PDB-6r7e: N-terminally reversed variant of FimA E. coli with alanine insert... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6r7e | |||||||||
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Title | N-terminally reversed variant of FimA E. coli with alanine insertion at position 20 | |||||||||
Components | FimA | |||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / FimA / pilus / monomer / subunit / pili / synthetic / construct / main structural subunit / high resolution / N terminus / reversed | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell adhesion / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.79 Å | |||||||||
Authors | Zyla, D. / Echeverria, B. / Glockshuber, R. | |||||||||
Funding support | Switzerland, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Donor strand sequence, rather than donor strand orientation, determines the stability and non-equilibrium folding of the type 1 pilus subunit FimA. Authors: Zyla, D. / Echeverria, B. / Glockshuber, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6r7e.cif.gz | 99.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6r7e.ent.gz | 77.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6r7e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6r7e_validation.pdf.gz | 433.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6r7e_full_validation.pdf.gz | 434.5 KB | Display | |
Data in XML | 6r7e_validation.xml.gz | 9.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6r7e_validation.cif.gz | 13.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6r74C 6s09C 5nktS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15906.321 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) Gene: fimA, fimA_3, fimA_4, AKG99_10950, AM464_16225, AUQ13_11250, B1K96_24765, B9M99_24745, B9T59_08995, C4J69_04805, C5P44_07805, C6B13_05790, CIJ94_16820, CR538_22075, DNQ45_01525, DS732_03935, ...Gene: fimA, fimA_3, fimA_4, AKG99_10950, AM464_16225, AUQ13_11250, B1K96_24765, B9M99_24745, B9T59_08995, C4J69_04805, C5P44_07805, C6B13_05790, CIJ94_16820, CR538_22075, DNQ45_01525, DS732_03935, DTM27_25935, ECONIH1_25830, HMPREF3040_05526, MS6198_50780, NCTC9010_04482, NCTC9036_04290, NCTC9117_05374, SAMEA3472056_01238 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q547G4, UniProt: P04128*PLUS | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.74 Å3/Da / Density % sol: 67.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.1 / Details: 45% NH4SO2 and 0.1 M Sodium Malonate buffer pH 3.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→43.55 Å / Num. obs: 26259 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 10.094 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 10.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5NKT Resolution: 1.79→43.55 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.98
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.24 Å2 / Biso mean: 55.233 Å2 / Biso min: 23.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.79→43.55 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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