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- PDB-2ccl: THE S45A, T46A MUTANT OF THE TYPE I COHESIN-DOCKERIN COMPLEX FROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ccl
タイトルTHE S45A, T46A MUTANT OF THE TYPE I COHESIN-DOCKERIN COMPLEX FROM THE CELLULOSOME OF CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM
要素
  • CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
  • ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
キーワードCELL ADHESION / COHESIN-DOCKERIN COMPLEX / CELLULOSOME / COHESIN / DOCKERIN / CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM / SCAFFOLDING / CELLULOSE DEGRADATION / HYDROLASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulosome / cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 ...Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Endo-1,4-beta-xylanase Y / Cellulosomal-scaffolding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Carvalho, A.L. / Dias, F.M.V. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. / Romao, M.J. / Fontes, C.M.G.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Evidence for a Dual Binding Mode of Dockerin Modules to Cohesins.
著者: Carvalho, A.L. / Dias, F.M.V. / Nagy, T. / Prates, J.A.M. / Proctor, M.R. / Smith, N. / Bayer, E.A. / Davies, G.J. / Ferreira, L.M.A. / Romao, M.J. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2006年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
C: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
D: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,85210
ポリマ－47,5024
非ポリマー3506
水8,935496
1
A: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0216
ポリマ－23,7512
非ポリマー2704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A
D: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8314
ポリマ－23,7512
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.550, 92.647, 49.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CELLULOSOMAL SCAFFOLDING PROTEIN A / CELLULOSOMAL GLYCOPROTEIN S1/SL / CELLULOSE INTEGRATING PROTEIN A / COHESIN


分子量: 16956.029 Da / 分子数: 2 / 断片: COHESIN 2 DOMAIN, RESIDUES 181-328 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06851
#2: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y / XYLANASE Y / XYLY / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE Y


分子量: 6794.856 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 730-791 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51584, endo-1,4-beta-xylanase
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 777 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 778 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 777 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 778 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 777 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 778 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.41 Å / Num. obs: 227515 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 29.1 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OHZ

1ohz


解像度: 2.03→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 7.266 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2837 10 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.183 25478 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3164 0 14 496 3674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9731.9774421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4415426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17524.697132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19115534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9741519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3061.52155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.52923400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.77231212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2914.51017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.249 165
Rwork0.189 1718
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.470.4872-0.28971.1962-0.5070.44770.00150.00770.0155-0.05020.01850.00040.0211-0.0221-0.020.06110.0079-0.0127-0.0377-0.0016-0.050318.3580.60512.766
20.37890.6443-0.28881.4036-0.44650.22660.1647-0.0729-0.0160.225-0.1014-0.0380.02440.0412-0.0633-0.02290.0107-0.0035-0.0003-0.0178-0.057916.39629.30514.19
30.0032-0.0436-0.01440.59670.19690.06490.0883-0.00640.17590.222-0.06210.2502-0.0888-0.0066-0.0262-0.03250.011-0.0008-0.0086-0.0067-0.0673-2.746-9.59316.983
40.653-0.43550.68210.8161-0.03811.16410.0013-0.0667-0.0014-0.0602-0.03730.0203-0.0295-0.06440.0360.0482-0.0067-0.0129-0.00260.0091-0.0571-3.74637.4267.719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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