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万見
- PDB-2rr7: Microtubule Binding Domain of DYNEIN-C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rr7
タイトルMicrotubule Binding Domain of DYNEIN-C
要素Dynein heavy chain 9
キーワードMOTOR PROTEIN / DYNEIN / MICROTUBULE-Binding / STALK head / MTBD / ANTIPARALLEL coiled coil / DSH
機能・相同性
機能・相同性情報


inner dynein arm / inner dynein arm assembly / cilium movement involved in cell motility / dynein light chain binding / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / motile cilium / dynein intermediate chain binding / microtubule / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker ...Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein heavy chain 9
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Kato, Y. / Yagi, T. / Ohki, S. / Burgess, S. / Honda, S. / Kamiya, R. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure of the microtubule-binding domain of flagellar dynein
著者: Kato, Y.S. / Yagi, T. / Harris, S.A. / Ohki, S.Y. / Yura, K. / Shimizu, Y. / Honda, S. / Kamiya, R. / Burgess, S.A. / Tanokura, M.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein heavy chain 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3911
ポリマ－17,3911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Dynein heavy chain 9


分子量: 17391.439 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2791-2942 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: DHC9 / プラスミド: PGEX-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4AC22

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1423D C(CO)NH
1523D H(CCO)NH
1633D (H)CCH-COSY
1733D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1933D 1H-13C NOESY
11023D 1H-13C-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-15N] DYNEIN HEAVY CHAIN 9 stalk head-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4 mM [U-13C; U-15N] DYNEIN HEAVY CHAIN 9 stalk head-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-13C; U-15N] DYNEIN HEAVY CHAIN 9 stalk head-3, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMDYNEIN HEAVY CHAIN 9 stalk head-1[U-15N]1
0.4 mMDYNEIN HEAVY CHAIN 9 stalk head-2[U-13C; U-15N]2
0.4 mMDYNEIN HEAVY CHAIN 9 stalk head-3[U-13C; U-15N]3
試料状態イオン強度: 1.42 / pH: 6.4 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
VARIAN INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGUNTERT, MUMENTHALER, WUTHRICH精密化
CYANAGUNTERT, MUMENTHALER, WUTHRICH構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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