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- PDB-1l8w: Crystal Structure of Lyme Disease Variable Surface Antigen VlsE o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8w
タイトルCrystal Structure of Lyme Disease Variable Surface Antigen VlsE of Borrelia burgdorferi
要素VlsE1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Variable Surface Protein / VMP-like sequence
機能・相同性Borrelia lipoprotein / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Variable large protein
機能・相同性情報
生物種Borreliella burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Eicken, C. / Sharma, V. / Klabunde, T. / Lawrenz, M.B. / Hardham, J.M. / Norris, S.J. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of Lyme disease variable surface antigen VlsE of Borrelia burgdorferi.
著者: Eicken, C. / Sharma, V. / Klabunde, T. / Lawrenz, M.B. / Hardham, J.M. / Norris, S.J. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2002年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS ASSUMED TO BE A MONOMER. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 4 MONOMERS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VlsE1
B: VlsE1
C: VlsE1
D: VlsE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0974
ポリマ－141,0974
非ポリマー00
水18,1951010
1
A: VlsE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2741
ポリマ－35,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: VlsE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2741
ポリマ－35,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: VlsE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2741
ポリマ－35,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: VlsE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2741
ポリマ－35,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: VlsE1
D: VlsE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5492
ポリマ－70,5492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22690 Å2
手法PISA
6
A: VlsE1
C: VlsE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5492
ポリマ－70,5492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.171, 59.178, 116.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.58, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1045-

HOH

21A-2020-

HOH

31A-2666-

HOH

41B-1225-

HOH

51B-2068-

HOH

61B-2342-

HOH

71D-1231-

HOH

詳細The biological assembly is assumed to be a monomer. The asymmetric unit contains 4 monomers.

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要素

#1: タンパク質
VlsE1 / Variable large protein


分子量: 35274.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア)
属: Borrelia / 遺伝子: vlsE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06878
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1010 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.72 % / 解説: final refinement against 0.9797 data
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 1500, Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMTris11pH8.0
215 %(w/v)PEG150011
310-15 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9611,0.9797,0.9800
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月3日
放射モノクロメーター: CARS-design Si(111) double-bounce / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96111
20.97971
30.981
反射解像度: 2.3→90 Å / Num. all: 90139 / Num. obs: 90139 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.5 / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rsym value: 0.057
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rsym value: 0.138 / % possible all: 75
反射
*PLUS
最低解像度: 90 Å / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.138

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→82.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 186825.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 4897 10.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all-48581 --
obs-48581 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 84.1577 Å2 / ksol: 0.363979 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å2-11.7 Å2
2---7.08 Å20 Å2
3---7.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→82.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7984 0 0 1010 8994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it32.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 768 10.4 %
Rwork0.257 6636 -
obs--89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 41131 / Num. reflection Rfree: 4597 / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.282 / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.65
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.319 / Rfactor Rwork: 0.257 / Rfactor obs: 0.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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