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万見
- PDB-2bnq: Structural and kinetic basis for heightened immunogenicity of T c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bnq
タイトルStructural and kinetic basis for heightened immunogenicity of T cell vaccines
要素
  • (T-CELL RECEPTOR ...) x 2
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
  • SYNTHETIC PEPTIDE
キーワードIMMUNE SYSTEM/RECEPTOR / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR-COMPLEX / TCR / MHC / IMMUNODOMINANCE / FLU / COMPLEX / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN / POLYMORPHISM / T-CELL / RECEPTOR / SUPERAGONIST PEPTIDE T-CELL VACCINES / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / : / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / : / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 21 / T cell receptor beta variable 6-5 / T cell receptor beta constant 1 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Cancer/testis antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. ...Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. / Boultier, J.M. / Rizkallah, P.J. / Renner, C. / Sewell, A. / van der Merwe, P.A. / Jackobsen, B.K. / Griffiths, G. / Jones, E.Y. / Cerundolo, V.
引用
ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2005
タイトル: Structural and Kinetic Basis for Heightened Immunogenicity of T Cell Vaccines
著者: Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. / Boultier, J.M. / Rizkallah, P. / Renner, C. / ...著者: Chen, J.-L. / Stewart-Jones, G. / Bossi, G. / Lissin, N.M. / Wooldridge, L. / Choi, E.M.L. / Held, G. / Dunbar, P.R. / Esnouf, R.M. / Sami, M. / Boultier, J.M. / Rizkallah, P. / Renner, C. / Sewell, A. / Van Der Merwe, P.A. / Jackobsen, B.K. / Griffiths, G. / Jones, E.Y. / Cerundolo, V.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2000
タイトル: Identification of NY-Eso-1 Peptide Analogues Capable of Improved Stimulation of Tumor-Reactive Ctl
著者: Chen, J.-L. / Dunbar, P.R. / Gileadi, U. / Jager, E. / Gnjatic, S. / Nagata, Y. / Stockert, E. / Panicali, D.L. / Chen, Y.-T. / Knuth, A. / Old, L.J. / Cerundolo, V.
履歴
登録2005年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: SYNTHETIC PEPTIDE
D: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN V REGION
E: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN C REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0985
ポリマ－94,0985
非ポリマー00
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10700 Å2
ΔGint-61.6 kcal/mol
Surface area37320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.563, 62.490, 116.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / MHC / A-2 ALPHA CHAIN PRECURSOR


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR ALPHA-1, -2, -3, RESIDUES 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES / Cell: ANTIGEN PRESENTING CELL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / HDCMA22P / B2M


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA-2-MICROGLOBULIN, RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES FROM INCLUSION BODIES
Cell: ANTIGEN PRESENTING CELL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P61769

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T-CELL RECEPTOR ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN V REGION


分子量: 22171.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CONTAINS ALSO C (CONSTANT) REGION / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: IMMUNE SYTEM / 解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES / Cell: T-LYMPHOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: A0A0B4J279*PLUS
#5: タンパク質 T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN C REGION / TRBC1


分子量: 27005.988 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR, RESIDUES 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: IMMUNE SYTEM / 解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES. / Cell: T-LYMPHOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: P01850, UniProt: A0A0K0K1A5*PLUS

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 528分子 C

#3: タンパク質・ペプチド SYNTHETIC PEPTIDE


分子量: 1090.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES. PEPTIDE CHAIN C. / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P78358*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 112638 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OGA

1oga


解像度: 1.7→19.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 217685.72 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4779 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 94142 84.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6969 Å2 / ksol: 0.358549 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.93 Å20 Å2-1.66 Å2
2--12.31 Å20 Å2
3----6.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6626 0 0 527 7153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.32.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 237 5 %
Rwork0.307 4469 -
obs--42.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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