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- PDB-2bmk: Fab fragment of PLP-dependent catalytic antibody 15A9 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bmk
タイトルFab fragment of PLP-dependent catalytic antibody 15A9 in complex with phosphopyridoxyl-D-alanine
要素
  • FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
  • FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / CATALYTIC ANTIBODY / TRANSAMINATION / PYRIDOXAL-PHOSPHATE / HAPTEN / PHOSPHOPYRIDOXYL-L-LYSINE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IODIDE ION / N-(5'-PHOSPHOPYRIDOXYL)-D-ALANINE
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Christen, P.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for D-amino acid transamination by the pyridoxal 5'-phosphate-dependent catalytic antibody 15A9.
著者: Golinelli-Pimpaneau, B. / Luthi, C. / Christen, P.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Monoclonal Antibodies Against N-Alpha-(5'-Phosphopyridoxyl)-L-Lysine.
著者: Gramatikova, S.I. / Christen, P.
履歴
登録2005年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
B: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
H: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,11612
ポリマ－95,7144
非ポリマー1,4028
水6,377354
1
A: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
B: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5586
ポリマ－47,8572
非ポリマー7014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
H: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5586
ポリマ－47,8572
非ポリマー7014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.152, 81.152, 79.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9993, 0.0291, 0.0243), (0.0296, -0.9994, -0.0202), (0.0237, 0.0209, -0.9995)-8.8692, 118.2019, 116.8956
2given(0.9993, 0.0368, 0.0113), (0.037, -0.9992, -0.0177), (0.0107, 0.0181, -0.9998)-8.2504, 117.5148, 117.5231

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要素

#1: 抗体 FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, LIGHT CHAIN


分子量: 23355.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 15A9 MURINE HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C
#2: 抗体 FAB FRAGMENT OF CATALYTIC ANTIBODY 15A9, HEAVY CHAIN


分子量: 24501.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 15A9 MURINE HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-PDD / N-(5'-PHOSPHOPYRIDOXYL)-D-ALANINE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 320.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 30%PEG 3350, 200MM SODIUM IODIDE, 50MM SODIUM ACETATE, PH6, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 32263 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 44.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WCB

1wcb


解像度: 2.3→40 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 3220 9 %RANDOM
Rwork0.2097 ---
obs0.2097 32247 90.2 %-
溶媒の処理Bsol: 37.74 Å2 / ksol: 0.328199 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.029 Å20 Å20.337 Å2
2---3.531 Å20 Å2
3---3.503 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6565 0 48 354 6967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006802
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37936
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.3826 107
Rwork0.3152 275
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PPD.PARPPD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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