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万見
- PDB-2bdm: Structure of Cytochrome P450 2B4 with Bound Bifonazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bdm
タイトルStructure of Cytochrome P450 2B4 with Bound Bifonazole
要素Cytochrome P450 2B4
キーワードOXIDOREDUCTASE / p450 / Monooxygenase / membrane protein / CYP 2B4 / CYP LM2
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1-[PHENYL-(4-PHENYLPHENYL)-METHYL]IMIDAZOLE / Cytochrome P450 2B4
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction.
著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6-resolution
著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9-A resolution: insight into the range of P450 conformations and the coordination of redox partner binding
著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / D Stout, C. / Halpert, J.R.
履歴
登録2005年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Authors indicate that there is an error in the sequence database reference at residue 221.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6959
ポリマ－54,1691
非ポリマー3,5268
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,39018
ポリマ－108,3382
非ポリマー7,05216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area24560 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area36870 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 2B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,39018
ポリマ－108,3382
非ポリマー7,05216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area13230 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area48200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.210, 203.210, 103.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2B4 / CYPIIB4 / P450-LM2 / Isozyme 2 / P450 types B0 and B1


分子量: 54169.082 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-491 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P00178, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-TMI / 1-[PHENYL-(4-PHENYLPHENYL)-METHYL]IMIDAZOLE / BIFONAZOLE / (S)-ビホナゾ-ル


分子量: 310.392 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18N2 / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NaCl, pH 6.5, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.54 Å / Num. obs: 56020 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.3-2.361008.50.4671.640670.467
2.36-2.421009.90.4271.839810.427
2.42-2.4910010.20.381238630.381
2.49-2.5710010.30.3282.337710.328
2.57-2.6610010.40.2852.736550.285
2.66-2.7510010.50.2353.235430.235
2.75-2.8510010.50.2073.734170.207
2.85-2.9710010.50.1684.533080.168
2.97-3.110010.50.1385.431430.138
3.1-3.2510010.50.1027.230580.102
3.25-3.4310010.50.0828.728870.082
3.43-3.6410010.40.0689.827520.068
3.64-3.8910010.40.05910.725830.059
3.89-4.210010.30.05411.524210.054
4.2-4.610010.10.04912.122500.049
4.6-5.14100100.04612.720330.046
5.14-5.941009.40.04114.618200.041
5.94-7.2799.590.03218.515470.032
7.27-10.2999.910.10.02424.312420.024
10.29-28.5493.38.40.028216790.028

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PO5, 1SUO

1po5

1suo


解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2750 4.9 %random selection
Rwork0.196 ---
all0.2 55929 --
obs0.2 55929 100 %-
溶媒の処理Bsol: 56.706 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 63.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.153 Å2-2.294 Å20 Å2
2--0.153 Å20 Å2
3----0.306 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 251 131 4116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.297
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ligand.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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